应用文库构建法和生物信息学方法鉴定绵羊microRNA

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MicroRNAs (miRNAs)是一类长约22 nt的非编码单链RNA分子,广泛存在于人类及其它各种真核生物中,它通过与靶mRNA特异性的碱基互补配对,引起靶mRNA降解或者抑制其翻译,从而调节基因的转录后表达水平。研究表明,miRNA在生物体内发挥着重要作用,其主要功能是调节生物体胚胎形成、组织器官形成、细胞分化和凋亡及调控疾病发生等相关基因的表达。截止到2010年4月,已经鉴定出分布于植物、动物、单细胞藻类等130多个物种中14197个miRNA。绵羊是重要的家畜动物之一,为人类提供生活必需的肉、毛、奶等,在农业生产和人民生活中占有极其重要的地位。然而,目前已知的绵羊miRNA的数量很少,对其功能的研究则更为匮乏。所以对绵羊miRNA的研究有着非常重要的现实和理论意义。本研究通过构建小分子RNA cDNA文库和生物信息学方法两种途径鉴定绵羊miRNA ,分析它们在不同组织中的表达情况,寻找肌肉特异miRNA,并利用在线生物信息学软件预测绵羊miRNA的靶基因,对靶基因的功能进行分析。结果小结如下:1.通过构建绵羊背最长肌、大脑、肝脏、脾脏4个组织的小分子RNA cDNA文库,克隆得到17个绵羊miRNA。得到的miRNA中,12个克隆自背最长肌,6个克隆自大脑,其余2个克隆自肝脏和脾脏。2.通过生物信息学方法,在绵羊表达序列标签(EST)数据库中鉴定出14个绵羊miRNA ,其中包括4对miRNA/miRNA*和1对miRNA-3p/miRNA-5p。同时鉴定出一个miRNA基因簇,由oar-miR-374b、oar-miR-374b*和oar-miR-421组成。3.序列分析表明,鉴定出的31个绵羊miRNA属于24个miRNA家族,在绵羊中均为首次发现。其中2个miRNA (oar-NEW-1和oar-NEW-2)在其他物种中均未见报道,为新的miRNA。其余29个miRNA为其它物种中已知miRNA的绵羊同源基因。4. Northern blot结果表明,oar-miR-1仅在心肌和背最长肌中表达,oar-miR-122仅在肝脏中表达,oar-NEW-1仅在脾脏中表达。5. Real-time PCR结果表明,除oar-miR-425-5p没有在心肌中检测到之外,检测的其余miRNA在绵羊的6个组织中均有表达。并且,oar-miR-24在心肌和背最长肌中的表达量显著高于在其他组织中的表达量;oar-miR-24-1*在心肌中的表达量显著高于在其他组织中的表达量;oar-miR-425-3p在背最长肌中的表达量显著高于在其他组织中的表达量;oar-miR-425-5p在大脑中的表达量显著高于在其他组织中的表达量。6.利用鉴定出的31个绵羊miRNA序列,我们在绵羊基因组中的保守3’UTR区域预测得到120个靶基因,包括230个靶位点。GO分类结果表明,这些靶基因几乎参与了全部的生物学过程,参与功能最多的是结合活性。
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