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今年来在我们生活中频频发生的非法捕猎、杀害、虐待、走私珍贵动物、非法收购、运输、出售濒危野生动物和动物制品的行为使得动物生存受到威胁。因此，利用一种快速的方法进行物种鉴定并提出有效的保护策略成了我们动物分子生物学研究者迫不及待的任务。DNA条形码技术(DNA Barcoding)是近年来发展起来的，在生物分类学领域中广泛应用的研究热点。通过这一技术，把某种未知种属信息的生物线粒体DNA(mtDNA，Mitochondrial DNA)细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基（cytochrome c oxidase subunit I，COI)片段序列与数据库中已记录过的已知物种的COI基因序列进行比对即可鉴定未知物种和发现新的物种，并对它们进行快速鉴定和加以识别。DNA条形码技术在新疆进行的研究在鱼类、昆虫类、鳞翅目类种属鉴定，系统发育关系的确定等领域中比较广泛应用，但是有关哺乳动物COI基因的研究不太常见。为了填补利用COI对哺乳动物进行物种鉴定领域的欠缺，确定利用国际上物种鉴定领域统一使用的COI基因通用引物能否鉴定新疆哺乳动物，并为建立一个快速、准确、可靠的哺乳动物物种鉴定平台及新疆维吾尔自治区动物细胞色素氧化酶基因数据库打下基础，该研究利用COI基因测序法与限制性内切酶内切法结合对新疆的7个科16种哺乳动物进行了物种鉴定。结果显示：1.利用国际上统一使用的COI基因通用引物可以扩增该研究所分析的新疆哺乳动物细胞色素氧化酶基因，扩增长度为654bp~710bp这些长度完全能满足DNA条形码技术所需的要求。本研究中COI基因序列A+T的平均含量均比G+C的平均含量高，其中A+T含量最高的狍子为61.6%，相应的G+C含量38.4%为最低，A+T含量最低的雪豹为53.3%，相应的G+C含量46.7%为最高，有明显的碱基偏倚性，这与线粒体DNA的碱基组成特点相符合。2.本研究分析的62个样本分配于36个单倍型，从36个单倍型中共检测到275个多态位点，占全部碱基数的43.9%，其中62个单一多态位点，213个简约信息位点。单一多态位点中未发现四碱基间的突变，简约信息位点中发现35个四碱基间的突变，说明新疆哺乳动物中存在较丰富的多态性。3.通过Neighbor-Joining（NJ）法和Maximum Evolution（ME）法构建的系统发育树得到的拓扑结构基本相同，分支明显，分析的所有序列都分配在单支上，无发现杂支，结果较理想。4.利用TruⅡ限制性内切酶可以切本研究中的16种哺乳动物COI基因序列的不同片段，既盘羊491bp、鹅喉羚629bp、绵羊470bp、藏羚羊534bp、岩羊457bp、北山羊554bp、藏原羚600bp、牦牛491bp、家养牛599bp、野驴414bp、雪兔597bp、雪豹433bp、马鹿476bp、狍子396bp、野猪468bp、蒙古狗497bp，其中种和种之间的被切片段之间没有明显的差异，如藏原羚和家养牛只差一个碱基，盘羊和牦牛被切片段一样。从结果来看，利用DNA条形码技术进行物种鉴定能够达到准确、快速进行种属鉴定的目标。而限制性内切酶内切法可以作为辅助参数，只凭酶切结果进行鉴定结果不可靠、易被混匀。