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厚壁毛竹(Phyllostachys edulis‘Pachyloen’)是唯一一个具有竹壁显著增厚,秆基近实心、抗性强、生物量大、遗传稳定等优良性状的毛竹新品种,是我国首个获得植物新品种保护权的竹类。以毛竹全基因组为参考,利用Illumina Hi Seq TM 2500测序仪,根据地下茎上芽的年生长发育周期,同时采集厚壁毛竹、毛竹对照从9月到翌年4月每月20日前后的共16个笋芽样品,分别进行双末端(paired-end)转录组测序,首次获得了厚壁毛竹的转录组分析信息。1.对转录组测序数据进行过滤、筛选,得到满足生物信息学分析的厚壁毛竹(笋芽分化-出笋成竹)的8个时节的转录组,数据量为2.4-4.3 Gb;毛竹对照8个转录组,数据量为1.7-5.6 Gb。2.基于毛竹全基因组,厚壁毛竹、毛竹对照的转录组测序读长比对率分别为48.46-79.03%,66.02-80.97%;比对到的基因数均为2.7-2.8万个,约占毛竹参考基因总数的88%。利用Gene cluster软件,分析了全基因表达谱,发现厚壁毛竹、毛竹对照的鞭芽发育进程一致。3.通过对厚壁毛竹、毛竹对照8个节气点共16个转录组的全部表达基因进行分析,分别筛选到共表达基因25 735-27 549个,厚壁毛竹特有表达基因666-1 839个,毛竹对照特有表达基因从1 079-1 356个。4.根据基因表达水平(RPKM值),对厚壁毛竹、毛竹对照的共表达基因进行差异表达基因筛选(FDR≤0.001,且差异倍数2倍以上),得到的8组差异表达基因数从1719-11 033个。5.通过GO功能富集分析,发现差异表达基因富集在22个生物学过程、16个细胞组分和13个分子功能中;厚壁毛竹特有表达基因富集在20个生物学过程、15个细胞组分和12个分子功能中;毛竹对照特有表达基因富集在19个生物学过程、14个细胞组分和10个分子功能中。6.通过KEGG Pathway富集分析,差异基因富集到三羧酸循环(TCA cycle)等158条代谢通路中,其中显著性代谢通路68条;厚壁毛竹特有表达基因富集到137条代谢通路中,其中显著性代谢通路52条;毛竹对照特有表达基因富集到135条代谢通路中,其中显著性代谢通路35条。通过对这些代谢通路进行交并集分析,得到了酪氨酸代谢等27条可能涉及厚壁毛竹种质性状成因的重要代谢通路。7.利用Cufflinks软件包,进行新转录本预测,得到厚壁毛竹、毛竹对照8个转录组的新转录本数范围分别为11 494-17 639个、6 449-17 835个。利用ASprofile软件进行可变剪切分析,发现厚壁毛竹、毛竹对照每个节气样品的12种可变剪切事件(TSS、TTS、SKIP、XSKIP、MSKIP、XMSKIP、IR、XIR、MIR、XMIR、AE、XAE)中,TSS、TTS两种可变剪切的数量均最多,占所有可变剪切事件的64.16-88.30%。以上研究,通过了随机选择的PH01000081G1110等10个表达量差异较大的基因的实时定量PCR验证,这些研究为厚壁毛竹种质性状形成机制研究积累了资料。