伪狂犬病毒（Pseudorabies virus，PRV）是猪伪狂犬病的病原。目前，猪伪狂犬病在世界范围内广泛流行，是当前危害养猪业的最为严重的传染病之一，每年给世界养猪业造成巨大的经济损失。2011年以来全国多个省份使用gE基因缺失疫苗免疫的猪场出现了母猪产弱仔、死胎、流产，仔猪出现神经症状及死亡等疑似伪狂犬的临床症状并产生严重的经济损失。为了进一步了解PRV的遗传变异情况，本研究从江苏某发生疑似伪狂犬病的猪场的仔猪脑组织内分离到了一株PRV野毒株，对其进行一系列的生物学鉴定和特性分析，然后对其进行全基因组扩增和遗传进化分析。1.变异猪伪狂犬病毒的分离鉴定本研究首先对江苏某伪狂犬病疫苗免疫猪场中发病仔猪的脑组织样品进行检测，初步确定为伪狂犬病毒感染。然后，将病料上清接种Vero细胞，24h后细胞发生变圆、空泡、合胞体等典型的细胞病变，将分离的病毒经过6轮蚀斑纯化后，PRV抗体的IFA显示感染细胞产生阳性荧光反应。分离的病毒在Vero细胞上的生长滴度可以达到107.43TCID50/mL。生长曲线显示，其在Vero细胞上的复制能力低于经典强毒株PRV S株。电镜可观察到典型的PRV病毒粒子结构。我们将分离的毒株命名为JS-2012。进行小鼠感染实验，将分离的病毒接种小鼠后很快出现了奇痒并最终死亡等伪狂犬的症状且JS-2012株对小鼠半数致死量（LD50）比PRV S经典强毒株要低，表明JS-2012和经典强毒相比存在毒力上的差异。2. PRV JS-2012株的全基因组测序与分析本研究首先提取PRV JS-2012株病毒DNA，并以此为模板，将全基因组分为43段，用覆盖全基因组的200多对引物扩增全基因片段。将片段依次进行测序拼接，得到JS-2012全长基因组序列共143708bp。随后对全长基因组序列进行编码基因的定位，ORF查找和poly（A）信号的查找。通过分析，发现全基因组中编码基因在位置上有所变动，预测有73个开放阅读框和35个poly（A）信号，能编码100多个病毒蛋白，提示有转录剪接体的存在。3. PRV JS-2012株主要功能区域的遗传演化和抗原性变化分析本研究对PRV JS-2012全长基因组序列一系列的核酸和氨基酸演化分析。主要包括对全基因组中病毒蛋白的编码基因和氨基酸序列及调控序列进行序列比对和进化分析，并对一些蛋白预测了其跨膜区域、糖基化位点和抗原性分析。分析发现，在病毒的囊膜糖蛋白中，变异较大的主要有gE，gB，gC和gD。其中，gE基因与2012年新分离株的同源性高达99.9%，在进化树位于同一个分支。与经典毒株相比，在两个部位存在3个连续的碱基的插入，氨基酸序列增加了2个天冬氨酸。gB基因变异较大，存在几个部位的特征性缺失，遗传演化分析发现其和其它参考株位于两个不同的分支。gC基因不仅存在很多点突变，而且还存在一段不连续的碱基插入和高变区。gD基因最特征的变异就是插入了连续6个碱基。另外病毒的囊膜蛋白、被膜蛋白以及核衣壳蛋白编码基因都有不同程度的变异，非结构蛋白基因变异主要集中在与病毒复制和包装相关的基因，有些非编码区的调控序列也有较大变异，比如增强子和复制起点序列。对这些变异的功能区域的分析为我们进一步研究其毒力差异的变化提供材料，为以后新型基因工程缺失疫苗的开发提供依据。