本文利用同源模建、分子力学优化和分子动力学模拟等方法对四种蛋白质体系进行了三维结构预测及分子对接的理论研究。主要结果如下:1.通过同源模建和分子动力学模拟,得到了牛源苯酚磺酸转移酶(bSULT1A1)的三维结构,并在此基础上分别进行了与配体PAPS和辅酶CoA的对接研究。从理论上阐明了PAPS和CoA的竞争性关系,指出PAPS更适合作为bSULT1A1的配体。2.通过同源模建和分子动力学模拟,构建了3-羟基犬尿酸转氨酶(3-HKT)的三维结构,预测了其活性区域,并进行了与小分子3-羟基犬尿酸(3-HK)的分子对接研究,确定了3-HKT与3-HK结合起主要作用的氨基酸残基,即Pro211,Gln204,Ser77和Lys205。3.通过对嗜热HB8 Nudix水解酶Ndx1(Nudix hydrolase Ndx1from Thermos thermophilus HB8,Ndx1)的同源模建及其分子对接的研究,明确了Ndx1与配体Ap6A结合起重要作用的氨基酸残基,并首次从理论上预测了Mg2+在Ndx1与配体Ap6A结合过程中的相对位置。4.通过对次黄苷三磷酸焦磷酸酯酶( Human InosineTriphosphate Pyrophosphatase,ITPase)的分子动力学模拟研究,探讨了P32T突变对ITPase二级结构变化的影响以及突变前后ITPase与ITP之间相互作用的强弱变化,为突变实验研究提供了可靠的理论线索。