农民专业合作组织是一种以农民为主体、以家庭联产承包制为基础的新型组织形式。农业天生的弱质性决定了这种以农业为依托的组织在发展初期离不开政府的行政介入。但政府在行政介入过程中难免存在一些过度，在一定程度上与合作组织的“民办、民管、民受益”原则相冲突。这就要求政府在合理介入和过度干预之间把握一个度，做到“有所为、有所不为”，采取适当的手段促进农民专业合作组织健康发展。本文从政府和农户两方面分析了造成行政介入的原因，并提出改进措施。　　 第一部分，对文章中农民专业合作组织及样本范围、政府行政介入等概念作出了界定，并简要梳理了国内外学者关于政府与合作组织之间关系的相关研究。在此基础上，简要阐述了本文所运用的合作组织基本理论、国家理论、制度及意识形态理论，为下文奠定了理论基础。　　 第二部分，从玛纳斯县农民专业合作组织的发展现状出发，列举了政府行政介入合作组织的一些具体措施，总结出政府行政介入农民专业合作组织所取得的初步成效和其中的一些问题，并延伸出政府的过度介入可能导致的一些后果。　　 第三部分，是对政府行政介入农民专业合作组织的整体分析。首先分析了政府的行为目标，对公共选择理论中政府官员的“经济人”假设进行了扩展，并将政府的角色分解为国家利益的代表、相对独立的单位和政府官员个人三种角色。通过各角色下行为目标的分析，结合调研的实际情况，得出如下结论：无论在合作组织的发起设立阶段，还是在合作组织治理结构和日常运行中，政府都存在一定程度的行政介入，介入的手段主要包括代理人介入、企业介入和政策介入三个方面。一方面，政府的行政介入产生了积极的效果，促进了合作组织的健康发展；另一方面，政府在行政介入过程中又有一些过度，“越位”与“缺位”现象并存，在一定程度上违背了民办、民管、民受益的原则，抑制了农民的积极性，影响了合作组织的健康发展。　　 第四部分，着重分析农民专业合作组织中另一方——农户的行为选择。本章以农户的有限理性为前提假定，并运用意识形态理论，在对农户调研的基础上，分析得出：不排除有农户自发形成的合作组织。但一般的情况是，理性条件下，农户的个体理性导致了农户集体外在的非理性，集体行动走向失败，即：不论是对合作组织的发起诉求，还是对合作组织的管理，农户都不能达成一致有效的行为。此外，在意识形态惯性作用下，农户同样存在一些非理性的行为，加之社会环境的影响，农户的行为选择为政府的行政介入创造了条件。　　 第五部分，通过对前面几章的分析整理，得出本文的结论部分。并在此基础上提出了减少政府行政干预农民专业合作组织的政策建议。