随着人类社会的发展，能源短缺、环境污染问题日益突出，已严重威胁人类的生存和发展。沼气技术是解决我国农村能源危机和环境污染，实现农业可持续发展的有效途径。由于传统研究手段的限制，目前对沼气发酵微生物群落结构缺乏全面、准确的了解，从而阻碍了工程和工艺的改进进程，致使农村系统运行效率低和可控性差的问题难以解决。现代分子生态学技术在环境微生物研究中的成功应用，为突破这一技术瓶颈提供了新思路。本论文运用基于16S rDNA的克隆文库分析和DGGE指纹图谱分析等分子生态学技术，对农村户用沼气池发酵微生物的群落结构进行了解析。首先通过对前人活性污泥的提取方法改进，建立了农村户用沼气池厌氧活性污泥总DNA的有效提取和纯化方法，DNA的得率、完整性、质量均可满足分子生态学研究的需要。通过对PCR-DGGE条件的优化，建立了农村户用沼气池厌氧活性污泥微生物16S rDNA V3区PCR-DGGE分析体系：25μ1 PCR反应体系中，模板量为1ng；采用Touchdown PCR方式；DGGE胶变性剂浓度范围35％～56％；上样量为600ng，150V电泳270min，可较为准确地反映农村户用沼气池厌氧活性污泥微生物的多样性和群落组成。分别构建了农村户用沼气池细菌和古菌的16S rDNA文库，通过文库分析，对农村户用沼气池发酵微生物的多样性进行了探索。结果表明，农村户用沼气池发酵系统微生物种类非常丰富，细菌比古菌表现出更为复杂的微生物多样性。不同微生物种群的丰度存在明显差异，有少数明显优势种群。其中的细菌，包括72个种群，大多数属于未培养菌，主要分属于五大类：低G+C革兰氏阳性菌(Firmicutes)、变形细菌(Protecobacteria)、拟杆菌(Bacteroidetes)、绿屈挠菌(Chloroflexi)和Genera-incertae-sedis-OP11。其中以低G+C革兰氏阳性菌为主，包含其2个亚类：梭菌(Clostridia)和芽孢杆菌(Bacilli)，占库容的54％，其次为拟杆菌占库容36％；其中的古菌，包括9个种群，都属于广古菌(Euryarchaeota)，包括甲烷鬃菌(Methanosaeta)、小甲烷粒菌(Methanocorpusculum)、甲烷八叠球菌(Methanosarcina)和甲烷盘菌(Methanoplanus)、甲烷囊菌(Methanoculleus)等，一分类地位不明确的Uncultured euryarchaeote和Methanocorpusculum parvum为优势种群。利用PCR-DGGE指纹图谱分析技术对农村户用沼气池中正常池和酸化池的细菌和古菌微生物群落结构分别进行了比较，并进行动态跟踪监测。结果显示：两种沼气池中微生物种类都非常丰富，细菌比古菌表现出更为复杂的微生物多样性。不同微生物种群的丰度存在明显差异，有少数明显优势种群，这与16S rDNA克隆文库分析结论基本一致。正常池与酸化池的细菌群落结构存在明显差异，酸化池中梭菌(Clostridia)比重高，而拟杆菌(Bacteroidetes)相对较少；而两种池中古菌的群落结构非常相似。由此初步推断，影响农村户用沼气池发酵状况的可能主要是细菌，而不是古菌；不同时期，正常池和酸化池中细菌和古菌的多样性都基本稳定，但部分种群的丰度随着温度的变化有所改变，拟杆菌(Bacteroidetes)丰度的随发酵温度升高增加，而梭菌(Clostridial则相反。本论文初步解析了农村户用沼气池发酵微生物的群落结构，为进一步优化群落结构、调节群落功能提供了科学依据，为实现我国农村沼气发酵的高效、可控运行奠定了基础。