CACNA2D2与肺腺癌的临床分期及预后的关系

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背景与目的:近年来,许多分子标志物已被发现与肺腺癌生长、增殖、转移和预后等方面相关联。虽然这些分子标志物已被证实在肺腺癌的预后评估和治疗策略制定中具有重要作用。但是在许多方面仍具有很大的局限性,比如基因检测费用过高或者取样过程创伤较大等,因此,研究出方便检测且取样过程中创伤小的肺腺癌相关的分子标志物对于肺腺癌患者的早期诊断、治疗和预后评估依然具有非常重要的意义。方法:1.数据库的采集和整理来自TCGA数据库及GEO数据库,TCGA-LUAD数据集包括585组LUAD患者的癌组织与邻近正常组织样本表达谱的预测基因集。GEO数据库进行检索,可得到GSE19188数据集、GSE20189数据集和GSE27554数据集。其中GSE19188数据集包括91个肺癌和65个相邻的正常肺组织样本表达谱的预测基因集,GSE20189数据集包括73例肺腺癌病例外周全血(PWB)和80例对照组外周全血(PWB)基因谱表达数据集,GSE27554数据集包括正常患者支气管内衬液和肺癌患者支气管内衬液的基因谱表达数据集,综合上述4个数据集,通过R语言进行标准化后差异分析,并从这4组差异分析的结果中选出其共同差异表达的基因。然后通过使用GO及KEGG富集分析来研究该基因的生物学功能。采用Wilcoxon符号秩检验、Kruskal-Wallis检验研究对临床病理特征和关键基因表达进行比较分析。最后采用Kaplan-Meier方法对公共数据库中的LUAD患者数据集进行生存分析。2.人类蛋白质图谱(THE HUMAN PROTEIN ATLAS,https://www.protein atlas.org)是一个在线数据库,数据来源于各物种基因组测序完成后得到的全基因蛋白质序列。该数据库收集LUAD和正常组织的免疫组织化学染色图像,通过该数据库可以验证CACNA2D2在肺腺癌组织和正常组织中的表达差异。结果:通过生物信息学分析我们发现CACNA2D2在肺腺癌组织中的表达量要低于癌旁的正常组织;随后用R分析了GSE19188、GSE20189及GSE27554数据集结果显示了LUAD组织、LUAD患者外周血及LUAD患者支气管内衬液中CACNA2D2的表达量分别低于癌旁组织、对照组外周血及对照组支气管内衬液。通过人类蛋白质图谱数据中免疫组化结果提示,CACNA2D2在正常肺组织中表达量明显增强,而在肺腺癌组织中CACNA2D2表达量有个明显的下降。结论:通过对TCGA及GEO中样本数据分析,再加上CACNA2D2的免疫组化结果,都表明CACNA2D2在LUAD组织中表达下调,且LUAD组的支气管灌洗液及外周血的CACNA2D2表达量均要低于非LUAD组。结果表明:低表达的CACNA2D2可能是LUAD生存不良的一个独立预后因素。
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