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选择性剪接是真核生物基因调控的重要方式,也是产生蛋白多样性的主要途径。研究表明,包括肝癌在内的多种肿瘤与选择性剪接密切相关。本课题旨在使用二代测序技术从肝癌和正常组织中选择性剪接的差异入手来分析选择性剪接对肝癌发生发展的作用和影响。为此,我们从一例肝细胞癌病人的肝组织中取了三块肿瘤组织和三块癌旁正常组织进行转录组测序并做了选择性剪接分析。我们共找到2061个有选择性剪接差异的基因,包括661个不同启动子使用差异的基因和1400个共转录起始点选择性剪接差异的基因。同时,在肝癌组织中4149个剪接异构体表达上调,3539个表达下调。中低表达基因的剪接异构体多样性在肝癌和正常组织中相当,而高表达基因则是肝癌组织中剪接异构体多样性更高。这是选择性剪接研究中第一次将选择性剪接和剪接异构体多样性结合起来描述肝癌和正常组织之间转录水平差异。通过对选择性剪接差异基因的GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析,我们发现它们中一部分与细胞死亡相关,并且在多条肿瘤信号通路中富集。在这些肿瘤信号通路中,处于上游的多是选择性剪接差异的基因,而下游则多出现基因表达差异。在Wnt信号通路上,APC、CTNNB3及转录因子TCF/LEF发生选择性剪接差异,最终使得下游调控细胞周期和细胞凋亡的MYC、JUN和CCNDl基因产生表达差异。这提示我们肝癌中选择性剪接的改变可通过激活多条肿瘤信号通路从而影响调控细胞周期和细胞凋亡的基因表达而导致肝癌的发生发展。至此,我们从整体而非一两个基因上研究了选择性剪接在肝癌中的作用方式。同时,我们还注意到肝癌中表达上调的基因有一部分与剪接体及剪接调控因子SR蛋白和hnRNP蛋白相关,这为我们寻找肝癌和正常组织中选择性剪接差异产生的原因提供了一定线索。另外,我们在分析肝癌和正常组织特异表达的剪接异构体过程中发现一些核仁小分子RNA在肝癌中特异性地高表达。这是一项新的发现。根据已有文献的相关报道,我们猜测这些核仁小分子RNA可能在肝癌的发生发展中起到一定作用。