根瘤菌新种Rhizobium helanshanense的研究

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本论文论述了根瘤菌最新的分类情况以及多相分类技术在根瘤菌领域的应用,同时对5株苦马豆属根瘤菌进行了16S rDNA、持家基因和共生基因的系统发育学研究,在此基础上结合rep-PCR指纹图谱技术、DNA同源性分析、表型特征研究和数值分类技术对这些新发现的菌株的分类地位加以明确。在研究分离自中国西北地区苦马豆植物的根瘤时,得到了5株根瘤菌菌株。该菌群5株菌的16S rDNA基因全序列较独特,在此基础上构建系统发育树,结果表明,供试根瘤菌群属于Rhizobium属,并且该群中心菌株CCNWQTX14与该属的R. sphearophysar的序列相似性最高(98.0%),所以初步断定该根瘤菌群为Rhizobium属中不同于已知种的新种类群。对持家基因recA和atpD的研究可看出,拟定根瘤菌新种群同样属于Rhizobium属。在recA和atpD基因进化树中,新种群中心菌株CCNWQTX14与模式株R. sphearophysar的序列相似性分别为94.5%,96.2%。共生基因nodD和nifH序列分析表明由共生基因构建的系统发育树与保守基因的进化树是不一致的。通过序列比对发现,CCNWQTX14与Sinorhizobium属的若干菌株有较高的序列相似性,如它与S. kummerowiae的nifH基因序列达到100%的相似度,进而猜测该新种群的共生基因片段可能自Sinorhizobium属的水平转移而获得。ERIC-PCR指纹图谱研究显示,新种群各菌株之间以及新种群与参比菌株都存在显著差异性,同时,新种群和参比菌株能在42%的相似性水平上聚类,表现出较低的相似性。DNA G+Cmol%含量分析表明了该根瘤菌新类群菌株的G+Cmol%在59.20%-62.33%之间,而在DNA-DNA杂交实验中,中心菌株CCNWQTX14和Rhizobium属已知种的模式株之间的同源率最高为41.8%(R. daejeonense ),远低于70%的发表根瘤菌新种标准。表型特征测定显示出新种群菌株与参比菌株之间存在众多的表型差异特征。以表型差异为基础建立的数值分类树状图中,新种群与参比菌株在42%的相似水平上聚在一起,而该群菌株之间也存在相似性差异,这就再次证明该种群为独立于现有已知种的新类群。总结全部研究结果,将此根瘤菌群作为一个新种发表,命名为Rhizobium helanshanense,菌株CCNWQTX14作为该新种的模式株。
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