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牛肉肉质和肌肉力量是数量性状，单独研究一个基因对肉质和肌肉力量的影响收益甚微，因此本研究选取相同饲养管理的沼泽型水牛和黄牛的背最长肌为研究对象，分析沼泽型水牛和广西本地黄牛背最长肌生理生化指标和表达基因存在的差异。采用组织化学和分析化学的方法，初步比较pH、含水量、剪切力、肌内脂肪含量、灰分含量和肌纤维结构存在的差异;同时使用转录组测序技术对沼泽型水牛和广西本地黄牛背最长肌的转录组进行了研究，从转录组学角度揭示沼泽型水牛和黄牛背最长肌生理生化指标差异的分子机制。该研究为沼泽型水牛肉用和役用价值的开发、良种牛的育种提供了理论依据。本研究主要包含两部分: 1.利用直接测量和色谱的方法测定了背最长肌的生理生化指标和氨基酸成分，并对比了沼泽型水牛和黄牛之间存在的差异。结果显示在相同生长环境下的沼泽型水牛和普通黄牛背最长肌生理生化指标类似，仅剪切力存在显著性差异(P≤0.05)，氨基酸成分相似，无显著性差异（P＞0.05），肌肉组织HE染色结果显示沼泽型水牛肌纤维的面积、直径、周长和密度均小于黄牛，差异极显著。使用qRT-PCR检测胶原蛋白Ⅰ型α1链(COL1A1)，氯电压门控通道蛋白(CLCN4)，硬月旨酰-CoA去饱和酶5(SCD5)分泌磷蛋白2(SPP2)四个基因在广西本地黄牛背最长肌中的表达量分别为沼泽型水牛的0.15，17.92，0.99，0.15倍; 2.采用第二代测序的方法检测沼泽型水牛和黄牛背最长肌的基因表达谱，经转录组测序分析得到12，819个在两组中差异表达的基因（FC≥0.5，P≤0.05），其中在沼泽型水牛背最长肌中高表达的基因共有5，508个，低表达的基因有7，311个。对12，819个差异基因进行GO富集分析，共注释了11，449个基因，富集于6，522个Category，根据Category功能的相关性进行聚类分析，共得到59个Clusters，其中2个Clusters与脂肪和脂肪酸代谢、吸收和转化生物过程相关;4个与肌肉组成、生长、分化和调控相关。对12，819个基因进行KEGG富集分析，有291条信号通路被富集。 本研究利用高通量测序对沼泽型水牛和广西本地黄牛背最长肌转录组进行测序，筛选出与肌肉肉质和肌肉力量相关的基因和新基因，为进一步研究水牛和黄牛肉肉质提供了基础，同时也为现代生物技术培育生产优质牛肉的新牛种提供了宝贵的数据依据，此外也对牛养殖场选育提供了实验依据。