近年来,禽流感的传播对我国养禽业的发展造成毁灭性的打击,每年都会导致数以百万计的家禽死亡或批量宰杀,经济损失巨大。2013年春季我国出现的新型H7N9禽流感病毒可以感染人类,严重威胁人类健康。对禽流感进行详细的研究分析,制定科学有效的禽流感预防和控制策略,已经成为当务之急。本文第一部分提出了一种基于蛋白质物理化学属性的序列特征提取方法,并将该方法应用于流感病毒的传播规律分析中。本文第二部分运用地理信息系统和生物信息学的技术,以1988-2015年间禽源H7N9流感病毒和2013-2015年人源H7N9流感病毒HA基因序列为研究对象,分析了禽源和人源H7N9流感病毒的进化与传播规律。研究结果有助于人们制定有效的防控措施来控制疫情的传播,减少生命和财产损失。主要工作如下:(1)提出了基于特征融合的序列特征提取方法。本文通过研究流感病毒蛋白质的物理化学属性和生物信息学技术,提出了基于特征融合的序列特征提取方法。并且验证了该方法对禽流感病毒分类的有效性,将该方法应用在流感病毒的传播规律分析中。(2)提出了基于Arc GIS平台的禽流感传播可视化分析方法。可视化分析方法包括两个部分内容。一是在地图上动态演示流感病毒的传播过程。通过使用病毒发生地经纬度的数据,将病毒精确映射到地图背景上。同时将病毒的详细信息按日期制作图层,制作组间动画动态演示病毒的传播过程。二是对流感病毒的空间分布进行相关性分析和热点分析,确定疫情高发区。(3)分析研究了禽源和人源H7N9流感病毒的传播和进化规律。本文在Arc GIS平台上实现了禽源和人源H7N9流感的传播过程的演示及环境因素的分析,分析H7N9禽流感的传播规律。同时对人源禽流感的空间分布进行热点分析,确定疫情高发城市。通过构建遗传系统发育树分析禽源和人源的传播源头,描绘了禽源和人源H7N9禽流感的进化传播模式。分析了禽源H7N9和人源H7N9在中国进化与传播的相互关系,探索了禽到人的感染模式。