从某种意义上说，新制度经济学和马克思经济学的企业理论都在对传统的市场机制和谐论进行反思，这是两大经济学说体系具有可比较性的基础；同时，新制度经济学和马克思经济学的企业理论在基本价值取向和方法论层面上存在许多具体差异，这是对它们进行比较的必要性所在。本文从分析两大经济学说体系对人的本质、人的行为特点的不同理解入手，分别介绍两种企业理论中企业性质、企业规模、企业内部的权利安排结构等三方面基本内容，并对两者的异同进行比较。本文认为：企业作为人们经济关系的一种组织形式，对其性质的解释应当从生产关系而不是从流通关系入手，企业的规模大小取决于技术、市场和资本三个要素，企业内部剩余控制权和剩余索取权的分配结构是适应企业核心技术要求的客观结果，它并不会因为某种理想化的理论构设而随意改变。论文中提出了一些较有新意的观点，如认为马克思经济学中两种意义的社会必要劳动时间所共同决定的首先是部门内商品的价值总量，马克思经济学中的企业是一种提高私人劳动社会性的经济组织形式，并用技术——实现技术的要素载体——要素所有者关系这一基本结构，解释马克思经济学关于企业内部劳动与资本之间控制与被控制关系的必然演变过程。文中还指出，新制度经济学企业理论的主要困境之一是不得不在人力资本与非人力资本所有者之间分割本是一体的剩余控制权。这种比较研究，对于我们当前深化对马克思经济学的理解，辩证地吸收和借鉴新制度经济学企业理论的研究成果，具有一定的意义。