【摘 要】
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我们采取了全基因组鸟枪法测序策略绘制了中国最大的水稻栽培亚种——(米山)稻(Oryza sativa L.ssp.indica)的基因组序列工作框架图.为了能够对全基因组的测序片段进行组装,
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我们采取了全基因组鸟枪法测序策略绘制了中国最大的水稻栽培亚种——(米山)稻(Oryza sativa L.ssp.indica)的基因组序列工作框架图.为了能够对全基因组的测序片段进行组装,我们自主开发了序列组装软件——RePS(Repeat-masked Phrap with Scaffolding).在对于所有水稻的全长cDNA序列进行分析时,我们发现了水稻基因在转录方向上,即从5端开始,GC含量呈现负梯度效应;而在拟南芥中则不存在这种现象.该梯度效应不仅影响了水稻基因中密码子的使用模式和不同密码子的使用频率,还在氨基酸水平上影响了不同氨基酸的使用频率.在玉米中也发现了类似现象.由于这种草类(Grmlnea)基因,也许是区别于双子叶植物的单子叶植物的特性,增加了水稻基因组在基因注释时的复杂度和单子叶、双子叶植物同源性比较中的蛋白质同源水平识别的困难.分析结果同样显示,尽管拟南芥有80.6﹪的基因同水稻同源,水稻则仅有49.4﹪的基因同拟南芥具有同源性.
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