我国医疗体制改革已经到达一个关键时期,国家对基本医疗体系的保障政策正逐渐清晰,政府对基层医院的投入力度将逐渐加大。县医院作为农村三级医疗体系的龙头,是医疗体系建设的重要内容。我国目前经济发展不平衡,存在500余个国家级贫困县及其它相对贫困地区。这些地区的人民群众收入水平较低,地方财政困难,县医院总的底子薄、欠帐大。本文作者通过查阅相关文献,对目前县医院应该具备的基本功能作了全面的分析,然后调查重庆市的三所贫困县医院目前的经营状况,对照县医院的职责和功能,对典型贫困县医院经营现状进行了分析,揭示在目前的经营状况下,贫困县医院建设与发展中存在的问题,以及在新一轮医疗改革中可能面对的困难,在此基础上,进一步考虑重庆市城乡统筹发展的大背景,探讨在目前我国医疗体制改革中,政府的投入责任,以及对贫困县医院的补偿内容、补偿标准、补偿方式、监管办法。以期建设一个对医疗扶持的良好体系,实现我国基本医疗服务的公益性质。