《联合国海洋法公约》提出了保护水下文化遗产的目标,但随着水下文化遗产的保存受到越来越多的威胁,《联合国海洋法公约》的保护已经不足。所以2001年,《保护水下文化遗产公约》被通过,作为保护水下文化遗产的专门公约,它进一步详细地规定了保护水下文化遗产的原则、方法和缔约国的权利、义务等。两公约之间的关系一直被讨论,《保护水下文化遗产公约》对《联合国海洋法公约》既有遵循,又有分歧。《保护水下文化遗产公约》遵循了《联合国海洋法公约》对于保护水下文化遗产的精神,对于沿海国在内水、领海、毗连区的大部分规定。而两公约的分歧主要体现在:第一,两公约就保护水下文化遗产而为各缔约国在专属经济区、大陆架设置的权利、义务有所不同;第二,两公约对于是否适用打捞法和打捞物法的态度不同。同为两公约缔约国的国家,在遇到两公约分歧规定时,会面临在两公约之中选择适用其一的难题。若出现选择适用其一,而违反另一公约的情况,缔约国可能会因此而面临承担国家责任的风险。如何解决两个公约之间的矛盾,在国家实践中非常重要。首先,两公约规定的冲突条款是解决公约冲突的优先选择方法。而在实践中,一些国家在处理具体的水下文化遗产保护时,可以通过达成双边、多边条约的方式来解决公约冲突。最后,修改公约是解决公约冲突最彻底的办法,虽然其难度极大。中国正处于修改《中华人民共和国水下文物保护管理条例》和考虑加入《保护水下文化遗产公约》时期。由于中国已经是《联合国海洋法公约》的缔约国,理清《保护水下文化遗产公约》与《联合国海洋法公约》之间的关系,对于中国考虑是否加入《保护水下文化遗产公约》和如何修订《中华人民共和国水下文物保护管理条例》,都有非常重要的作用。