本文论述了海岛棉遗传多样性研究及亚洲棉F<,2>群体偏分离的遗传分析，全文分为两部分： 第一部分：海岛棉遗传多样性分析 遗传多样性的量化与分类是收集和利用种质资源的重要前提。利用SRAP分子标记对58份海岛棉种质资源进行了遗传多样性分析，其中19份材料是从国外引进。从有多态性的132个SRAP引物获得419个多态性位点，并建立了21个海岛棉品种的分子指纹图谱。利用NTSYS-pc 2.10统计分析软件，采用Jaccards相似系数IJPGMA法进行聚类。从聚类图上可以看出在平均相似系数为0.497时58份海岛棉可以分为六大类：其成对相似系数分布范围为0.312～0.876，这个结果表明我国海岛棉品种的遗传多样性相对较为丰富。 对引进品种和国内品种进行比较分析发现，国内品种平均相似系数(0.498)低于国外品种(0.529)，暗示国内和国外品种之间的遗传差异较大。这说明了我国对引进国外品种进行了选择，驯化，逐步形成了适合我国不同生态区域的品种，增加了我国海岛棉种质的多样性。 根据育种的不同时期对我国国内品种进行分析，第一时期的品种相似系数(0.501)小于第二时期的品种相似系数(0.548)，说明我国新育成的海岛棉品种相似度在增加，主要原因可能是第二时期品种大都是从第一时期的品种衍生而来，育种过程中对优质高产的过分追求，使得品种间的某些差异在选择的过程中丢失，可利用种质来源的局限性使得遗传基础慢慢变窄。 第二部分：亚洲棉种内群体偏分离的遗传分析 利用BNL、CIR和NAU三种SSR系列引物，总共1025对引物进行亲本多态性筛选，分别产生11对、1对和18对多态性引物，153对SRAP引物有11对引物具有多态性。通过3个形态标记、20个SSR和儿个SRAP多态性标记，研究它们在‘如东鸡脚桠果’与‘美国中棉971’杂交的F<,2>群体中的分离情况。结果表明，77.42％的分子标记表现为偏分离，所有的偏分离标记都偏向母本‘如东鸡脚桠果’；如此高的偏分离比例以及偏分离标记都偏向一个亲本，这种现象在棉花中是比较罕见的。三种类型的SSR标记和非物种特异性的SRAP标记都表现偏分离，而形态标记则表现为正常分离，这表明该异常偏分离现是由材料本身的遗传特性所决定的。通过分析偏分离的共显性标记的等位基因频率(p=q)以及各种基因型频率(p<2>：2pq：q<2>)的F<,2>分布，发现大多数标记的等位基因频率差异显著，而F<,2>基因型频率分布正常，表明这些标记产生偏分离可能是配子体选择的结果。