阪崎肠杆菌适配体制备及其应用

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阪崎肠杆菌是一种存在于人和动物肠道内的条件性致病菌,对于婴幼儿的危害重大。目前关于阪崎肠杆菌的检测方法有传统微生物培养、现代分子生物学与免疫学检测技术等,各种方法各有其优缺点。SELEX技术即指数富集配体的系统进化技术(Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment in virto),是20世纪90年代初新兴发展的一种组合化学技术。适配体(aptamer)是基于SELEX技术从随机寡核苷酸文库中筛选获得的对靶物质具有高特异性与亲和力的寡核苷酸序列。本文结合应用Cell-SELEX技术与反筛SELEX技术经过多轮重复筛选获得了针对两株不同种阪崎肠杆菌ATCC12868与阪崎肠杆菌DSM18703的单链DNA(ssDNA)适配体,进而结合磁性纳米粒子与核酸适配体识别技术分别建立了食品中阪崎肠杆菌ATCC12868与阪崎肠杆菌DSM18703的新型检测方法。首先,人工体外合成一个两端为20nt固定序列,中间为40nt随机序列的全长80nt的随机寡核苷酸文库;分别以阪崎肠杆菌ATCC12868与阪崎肠杆菌DSM18703全菌细胞为靶物质,运用Cell-SELEX技术与反筛SELEX技术经过十二轮重复筛选和PCR扩增过程获得了对靶物质具有较高亲和力的ssDNA序列,对其进行克隆与测序;运用DNAMAN软件和RNA structure软件对测序所得适配体序列进行一级结构同源性分析和二级结构相似性分析并将之分成若干个家族;合成羧基荧光素(FAM)标记的每个家族的代表性序列,并应用流式细胞术对其亲和力与特异性进行分析,进而获得了阪崎肠杆菌ATCC12868与阪崎肠杆菌DSM18703的高亲和力与特异性的寡核苷酸适配体。其次,基于适配体识别技术,并结合磁性纳米粒子磁分离富集与FAM荧光标记技术构建了阪崎肠杆菌的新型检测方法。在最佳实验条件下,阪崎肠杆菌ATCC12868的检测线性范围是70~5700cfu/mL,检出限为50cfu/mL,婴幼儿配方奶粉中的加标回收率为93.55%~106.67%;阪崎肠杆菌DSM18703的检测线性范围是60~6300cfu/mL,检出限为50cfu/mL,婴幼儿配方奶粉中加标回收率为94.74%~103.55%。
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