基于质谱的DNA损伤早期修复蛋白的蛋白质组和乙酰化修饰组学研究

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研究目的:真核细胞的DNA修复通路负责修复DNA损伤,维持基因组的稳定性和降低细胞癌变的风险。乙酰化是细胞内广泛存在的一种蛋白翻译后修饰,乙酰化酶(HATs)和去乙酰化酶(HDACs)的共同动态调控蛋白的乙酰化,并通过很多不同的机制来调控修复蛋白的功能。异常的乙酰化修饰会导致DNA修复蛋白功能的失调,促进癌症的发生与进展。靶向调控修复蛋白的乙酰化修饰实现抗肿瘤作用被认为是具有巨大潜力的抗肿瘤治疗新方向。尽管乙酰化对某些修复蛋白的调控机制不断被发现,但是在DNA损伤的早期阶段,修复蛋白的表达以及蛋白上乙酰化修饰的变化还未有相关的报道。但是这些信息对探究乙酰化对DNA早期损伤反应的调控具有非常重要的意义。研究方法:本研究将通过抗赖氨酸乙酰化抗体富集技术联合高分辨率4D-label free定量蛋白质组学技术,在293T细胞中用表柔比星作为DNA损伤剂处理1h引起DNA损伤的早期反应后,完成全蛋白质组及乙酰化组的鉴定和定量。研究结果:结果一共鉴定到了 5526个可定量蛋白和2400个蛋白上的6789个乙酰化位点。其中包括50个修复蛋白上的190个乙酰化位点。在这50个修复蛋白中,有21个修复蛋白上的42个赖氨酸位点和16个修复蛋白的24个赖氨酸位点在DNA损伤的早期应激反应中分别发生了乙酰化和去乙酰化修饰,其中有7个修复蛋白上同时包含发生了乙酰化和去乙酰化的赖氨酸位点。修复蛋白表达水平几乎没有显著的上调或者下调。GTF2H2C,RAD51C和RAD17是首次发现有乙酰化修饰,有17个蛋白目前没有乙酰化相关的研究,通过我们进一步的分析,发现有1 1个在DNA损伤早期反应中出现了乙酰化或去乙酰化的赖氨酸位点位于7个修复蛋白的功能结构域中,这些位点的乙酰化非常有可能通过影响结构域的功能,从而调控蛋白的功能,有助于我们进一步探究损伤早期阶段乙酰化的改变对这些蛋白质的影响。研究结论:结合蛋白质组学和乙酰化修饰组学的结果,提示在DNA损伤反应的早期,修复蛋白上快速发生乙酰化修饰变化可能在蛋白表达水平发生变化之前,发挥调控修复蛋白功能的作用,从而协助DNA损伤修复反应的有序完成。
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