新时代全国高等学校本科教育工作会议强调:“中国本科教育进入了新时代,人才培养是本,本科教育是根”。这对于“双一流”建设的方向、标准、重点有非常重要的启示和借鉴意义。“双一流”建设是推进教育现代化、建设教育强国的时代要求,是国家发展高等教育的一项重要战略。在“双一流”建设的背景下,原来的全能型、主导型政府已经受到了挑战,而政府职能的运行直接关系到“双一流”建设的长效、稳定、健康和有序。本文受新公共服务理论、准公共产品理论和治理理论思想的影响,对政府在“双一流”建设中的职能运行从理念、制度和机制三个层面建立了分析框架。本文对政府在“双一流”建设中职能运行的背景、困境、原因和国外经验借鉴进行分析的基础上,提出我国高校“双一流”建设中政府职能运行的疏导路径。文章内容安排如下:第一,从“双一流”建设和政府职能的基本概念界定入手,并对政府职能进行定位;第二,研究了“双一流”建设中政府职能运行现状,阐述了当前存在的问题,并剖析原因;第三,分析国外创建高水平大学政府职能运行方式及对我国的启示。最后,提出了“双一流”建设中我国政府职能运行的路径选择。本文的研究发现主要有以下三点:第一,政府职能运行是以新公共服务理论、准公共产品理论和治理理论为理论基础的,政府在“双一流”建设中的职能运行是其不可推卸的责任。第二,在“双一流”建设中,政府职能运行存在困境是多方面因素共同作用的结果,主要原因包括服务理念待完全转变、政策法规待完善、配套机制待健全。第三,政府自身需要由“划桨”转变为“掌舵”职能,不断更新观念,发挥宏观引导职能、监督职能和协调职能,建立服务型政府,从破除行政中心主义、明确中国特色办学理念、完善法律法规体系、促进健全的现代大学制度、创建校企协作机制、健全第三方评估机制等入手,积极探索促进“双一流”建设的路径。