缺刻缘绿藻cDNA文库构建及脂肪酸延长酶基因特性分析

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本研究采用气相色谱法对缺刻缘绿藻的脂肪酸组成及其含量进行了测定,证实它确实含有18:1、18:2、18:3、20:4、20:5等不饱和脂肪酸,它们的相对百分含量为16.06%、8.04%、18.49%、11.13%、2.55%,表明其花生四烯酸含量较高。 基因组DNA的提取是进行分子生物学研究最基础的一步工作。植物组织DNA的提取一般采取CTAB法和SDS法,现在一些生物公司开发的植物基因组DNA提取试剂盒也广泛应用。为了获得高质量缺刻缘绿藻基因DNA,本研究比较了三种DNA提取方法:CTAB法、SDS法和试剂盒提取法。发现不论是DNA得率还是质量,CTAB法都是提取缺刻缘绿藻基因组DNA的最好方法。 本研究采用TRIzol法提取缺刻缘绿藻的总RNA,然后运用SMARTcDNA文库构建试剂盒构建了缺刻缘绿藻的cDNA文库。本研究获得的文库滴度为6×106 pfu/ml;推算出该文库的重组率达95.83%;在随机挑选阳性单克隆进行PCR扩增后,扩增出的片段主要集中在0.5-1.5kb之间,平均插入片段长度约为1 kb。这些结果表明该文库符合保存和基因筛选的要求。从文库中随机挑取近2000个克隆进行测序,获得EST序列,然后在NCBI数据库中进行Blastx同源性搜索,发现其中一条EST序列同地钱以及一种海洋浮游绿藻Ostreococcus tauri的脂肪酸延长酶基因具有很高的同源性。通过RACE方法获得该基因的全序列长1368 bp,其中开放阅读框864 bp,5′非翻译区70 bp,3′非翻译区具有明显的polyA 尾巴,长431 bp;它编码一个含288个氨基酸蛋白质,通过生物信息学分析推测该酶为跨膜蛋白,其可能位于内质网上;经基因组DNA扩增、序列分析并比对后,发现该基因有三个内含子,每个长度约70 bp左右,并含有一个保守的组氨酸簇;应用Real-time PCR方法可知,在缺氮的前12个小时内,该基因的转录量降低,因细胞内有一定量的20:3,便于向AA转化和积累;但随着20:3的快速转化与消耗,延长酶基因的转录量只有恢复甚至提高,才能确保细胞内的18:3顺利地向AA转化和累积。
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