本文以专利权自由和公共利益之间的矛盾关系为反思的起点，通过规范分析和价值分析方法，探求专利权限制的正当性法理基础。知识产权法学主流观点认为，知识产权限制导源于公共利益和知识产权专有利益的冲突，知识产权限制的目的是为了实现利益平衡。笔者认为，利益平衡是法律调整的基本方法，并不是专利制度独有。对正当性的研究应当突破制度的表征层面，深入规范与价值层面。在价值层面，从法的正义价值出发研究正当性，有形式正义、实质正义、分配正义和校正正义多个方面。基于法律的形式与内容须协调统一的原理，价值评价固然可以证明制度价值取向的应然性，却难以在制度规范的技术层面证明实然法限制的正当性。因此，专利权限制的正当性研究应该以客体为基础，以经济分析为路径，围绕专利权利益和公共利益格局展开论证。笔者将本文的中心命题确定为：专利权限制与专利权保护共同构成了专利权契约。基于该元命题，引申下列子命题：专利权限制是以促进专利发明和专利利用为目的，以专利权人和国家达成的专利权契约为形式，最大限度的实现对专利技术公平利用的一种法律制度。专利权契约是实现专利权限制正当性的基础；专利权客体决定了法律规范的形式和实质特点；专利技术的价值和社会对专利技术的需求决定了专利权限制存在意义。本文的证明内容分为两大部分。首先，界定正当性的价值标准：在不妨害第三人的前提下，专利权人和专利权相对人通过交换方式获得的利益满足具有推定的正当性。其次，借助规范分析方法和经济分析方法证明：基于民法的公平原则，专利权限制的性质是专利权人为取得专利权专有利益而向社会和第三人支付的对价，并在利益构造和专利权构造分析基础上，阐释专利权契约理论在专利权限制技术塑造上的价值。本文的研究路径有三个递进层次。论证的第一步，定义作为研究逻辑起点的概念工具：权利限制和正当性。从权利哲学的角度认知限制的存在客观基础，剖析专利权限制的经济根源；从价值交换的经济学视角，提出可交换利益的相互满足是化解利益冲突、实现各自利益最大化的正当途径，同时也是检验制度正义的标准。论证的第二步，以功能导向为指针，对专利权限制制度作初步的体系化梳理。在功能价值区分的基础上，将以满足专利权人相对人利益为目标的限制制度和防止权利滥用的限制制度作价值比较，指出限制制度的核心功能和特殊价值在于满足专利权相对人对专利权客体的正当利益需求。论证的第三步，以规范分析方法，建立专利权限制的技术模型。技术模型由主体、对价和客体三个基本要素构成，并具象为契约化的权利义务。在技术模型条件下，论证专利发明人和相对人主体利益的对立和统一导致了利益博弈的格局形成，并基于利益交换的经济需要，选择互为对价给付的契约式交易。同时，分析核心要素——对价的构成和双方的权利义务的对应关系，并从外部特征引申出契约缔结的自由要素和强制要素。最后，剖析专利权限制与反限制中的对价原理，揭示专利权反限制正当性的价值在于保护专利权人的正当利益，同时，结合国际条约的基本经验和原则分析专利权限制的最低合理性。