经营绩效是公司优化配置内外部资源的最终结果，主要反映企业经营的好坏。经济增加值（EVA）评价的经营绩效考虑了企业的全部资本成本的机会成本，本质上是经济利润。EVA指标衡量的企业经营绩效更准确更有效。我国创业板医药行业目前持续领先创业板。本文基于EVA理论评价创业板医药类企业的经营绩效并研究企业盈利能力、创新能力、资本结构、公司规模、公司治理结构与其的相关关系。本文以2009-2012年创业板医药类30家上市企业为研究对象，共选取120个观测值，利用EVIEWS统计分析软件进行实证分析。在考虑全部资本的机会成本后利用EVA理论计算企业的EVA即经营绩效。在企业经营绩效EVA的基础上，本文将影响企业经营绩效的盈利能力、创新能力、资本结构、公司规模和公司治理结构细分为销售净利率、资产报酬率、研究开发费用投入占营业收入比、研发技术人员占总员工人数比、发明专利、资产负债率、董事会规模、第一大股东持股比例、前五大股东持股比例之和11个指标。根据搜集整理的数据对12个变量回归并分析，研究5大影响因素11个指标与企业经营绩效之间的关系。研究发现企业的盈利能力、创新能力、资产负债率、公司规模、董事会规模与企业经营绩效正相关，其中，创新能力中的发明专利对企业经营绩效的解释能力强于另两项指标；股权集中度与企业经营绩效负相关，需关注创业板医药类企业股权过度集中现象。