随着我国城市化的迅速扩张，城市土地需求量越来越大，在国有建设土地严重供给不足的背景下，集体土地非住宅房屋被纳入征收范围。然而在集体土地非住宅房屋征收补偿工作中补偿标准过低、补偿程序混乱、利益矛盾突出等问题严重束缚了房屋征收进程，阻碍了城市建设的发展。　　本文借鉴国内外相关研究成果，以产权理论、博弈理论、不动产评估等为理论指导，首先对集体土地非住宅房屋征收补偿机制的现状及其成因进行分析，运用博弈理论确定集体土地非住宅房屋征收的补偿原则。通过总结我国几个典型地区的征收补偿实践探索经验，以补偿原则为指导，从制度、补偿标准、补偿程序三个方面探索和构建征收补偿新机制。最后通过实证分析，从现行征收补偿机制和征收补偿新机制两个角度进行测算和评析，验证征收补偿新机制的可行性。　　本文通过对各利益方的博弈均衡分析，提出我国的集体土地非住宅房屋征收补偿应以完全补偿作为补偿原则，制度的保障不仅从法律层面，还要从征收补偿工作各个环节如征收管理环节、补偿费用监管环节、独立的征收评估环节等方面考虑。补偿标准不能简单的按法定价格进行补偿，征收房屋类型不同，补偿标准也应不同。本文将集体土地非住宅房屋分为营业用房和非营业用房两种类型，对其进行补偿估算时应区别对待，营业用房征收补偿主要选用收益还原法进行估算，而非营业用房征收补偿由于没有收益，采用成本法原则，结合房屋成新状况，利用部件计分制进行估算。补偿程序的重构使得相关行为更加规范有序，有利于征收工作的顺利进行。