本研究利用双向电泳和质谱技术对抗寒性不同的菊花品种进行了蛋白质组学的比较分析，以探索菊花的抗寒机制。实验选择不同抗寒性的菊花品种——北京小菊(Dendranthema cv．pekinense，0#)和地被菊(Dendranthemaxmorifolium，3#)，在4℃控温生长箱中(10h光照)低温处理0hr、2hr、4hr、12hr、1d、2d、3d后分别取叶片，用Tris饱和酚法提取总蛋白，进行单向电泳和双向电泳分析。对样品制备、蛋白溶解等技术环节进行了优化和改进，摸索了一种适合于菊花叶片全蛋白的提取方法，解决了菊花叶片中多糖、脂类、色素等对双向电泳严重干扰的问题，同时确定了一种有效的蛋白质裂解液(7mol·L-1尿素、2mol·L-1硫脲、4％CHAPS、5mmol·L-1DTT)。叶片全蛋白采用pH3-10的线性IPG干胶条进行分离，经考马斯亮兰染色后，利用ImageMaste-2D Elite图象分析软件进行处理，获得了重复性好、分辨率高的蛋白质双向电泳图谱，分别得到了500～800多个可识别的蛋白质斑点；通过斑点配比，获得了0#不同时间低温处理下的差异蛋白54个，3#不同时间低温处理下的差异蛋白52个，以及这两种耐寒性不同的菊花品种在相同低温处理时间下的差异蛋白7个；分别对这些差异蛋白进行肽质量指纹图谱分析，共获得了63个较好的肽质量指纹图谱。鉴定了12个蛋白差异点，分别为多聚半乳糖醛酸酶、甘氨酸结合蛋白、果糖1，6-二磷酸醛缩酶、转录因子MYB家族、钙调素蛋白受体激酶、磷酸甘油酸变位酶、核酮糖-1，5二磷酸羧化酶／加氧酶小亚基、细胞色素C氧化酶。另外51个蛋白差异点虽得到较好的肽质量指纹图谱，但未搜索到匹配好、得分值高的结果，推测可能为未知新蛋白。对鉴定了的蛋白进行功能分析，从而探讨性地提出菊花的抗寒机制。