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目的探讨难治性癫痫患者线粒体基因变异情况及两者之间的关系,探索线粒体基因未知的变异位点或表型。方法采用聚合酶链式反应（Polymerase chain reaction,PCR）、Sanger测序法对2013年1月至2014年12月西京医院神经内科癫痫门诊的难治性癫痫患者行线粒体全基因组测序,测序结果与NCBI数据库中正常人线粒体基因组（NC012920.1）比对,参照人类线粒体基因组数据库寻找突变位点。结果共有54例患者进行了线粒体基因组测序,其中男性34例,女性20例。在54例患者的线粒体基因组测序结果中,共发现33个目前已知的疾病相关的单核苷酸多态性位点（Single nucleotide polymorphism,SNP）,其中2个位于MT-RNR1基因,2个位于MT-RNR2基因,6个位于tRNA编码区,21个位于多肽编码区,2个位于DLoop区。m.13708 G>A和m.14668C>T这两个位点突变频率与NCBI数据库中的中国北京地区汉族人群（HapMap-CHB）的相应位点等位基因频率对比,差异有统计学意义（P<0.01）,本组难治性癫痫患者中m.13708 G>A、m.14668C>T两个位点突变频率高于正常人群。发现3个目前已知的致病突变位点,其中m.636A>G突变1例,m.636A>是遗传性耳聋或氨基糖甙类诱导性耳聋（Maternally inherited DEAFness or aminoglycoside-induced DEAFness,DEAF）的致病位点;m.7445A>C突变1例,m.7445A>C也是DEAF的致病位点;m.3243A>G突变3例,m.3243A>G是线粒体脑肌病并发乳酸酸中毒及中风样发作（Mitochondrial Encephalomyopathy,Lactic Acidosis,and Stroke-like episodes,MELAS）、慢性进行性眼外肌麻痹（Chronic Progressive External Ophthalmoplegia,CPEO）等多种疾病的致病位点。发现4个未见报道的新突变,m.15018 T>A突变、m.15066 T>A突变,位于MT-cytb基因上;m.14207G>C突变、m.14288 C>A突变,位于MT-ND6基因上。结论难治性癫痫患者线粒体全基因组测序筛查为明确某些难治性癫痫患者的病因诊断提供了线索。