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水稻是世界上三大主要粮食作物之一,近年来,随着产量的不断提高,人们对稻米营养保健方面的需求愈发强烈,有色稻富含多种营养物质及色素等生理活性物质,在人体保健上具有巨大功效。花色苷和原花色素是有色稻籽粒呈色的关键物质,也是对人体健康具有重要作用的营养保健成分,定位控制花色苷和原花色素含量的数量性状基因（QTL）,对利用分子标记辅助选择培育富含花色苷和原花色素的水稻新品种具有重要意义。本研究选用红米品种红香1号、常规米品种松98-131,及二者杂交衍生的重组自交系群体（RIL）为材料,连续3年对水稻花色苷和原花色素含量进行QTL初步定位。根据初步定位结果,在RIL群体中筛选剩余杂合体单株,构建次级定位群体,对水稻花色苷和原花色素含量的主效QTL进行精细定位。主要研究结果如下:（1）利用IciMpping v3.3软件共检测出21个控制花色苷和原花色素含量的加性QTL,分别定位在第1、2、3、7、8、10和12染色体上,表型变异贡献率的范围为3.8%-34.8%。在3个环境中检测到的控制花色苷含量的主效QTL记为qANC3,qANC3定位于SSR标记RM411-RM448区间,平均表型变异贡献率为17.6%-34.8%,增效等位基因来源于母本红香一号。在3个环境中检测到的控制原花色素含量的主效QTL记为qPAC12-4。qPAC12-4定位于SSR标记RM1302-RM1310区间,平均表型变异贡献率为14.0%-23.3%,增效等位基因来源于母本红香一号。（2）根据水稻花色苷含量QTL初步定位结果,筛选剩余杂合单株,并将该杂合单株自交,利用RM411和RM448及其区间共12个引物筛选F2 RHL群体,获得父本纯合型单株11株、母本纯合型单株11株和杂合型单株2株,构建2套RHL衍生群体,利用EXCEL单因素方差分析对qANC-3进行精细定位,最终将水稻花色苷含量定位在第3染色体RM6468-RM6329间,定位区间长度约为842Kb,将该QTL命名为qANC3。（3）根据水稻原花色素含量QTL初步定位结果,筛选剩余杂合单株,并将该杂合单株自交,利用RM1302和RM1310及其区间共13个引物筛选F2 RHL群体,获得父本纯合型单株11株、母本纯合型单株13株和杂合型单株3株,并构建3套RHL衍生群体,利用EXCEL单因素方差分析对qPAC12-4进行精细定位,最终将水稻原花色素含量定位在第12染色体RM28099-RM465A间,定位区间长度约为902Kb,将该QTL命名为qPAC12-4。（4）对qANC3进行基因注释,共注释到104个基因,其中LOCOs03g49524是控制花色苷3-O-葡糖基转移酶基因,可能是控制花色苷含量的相关基因,LOCOs03g49524应作为下一步研究的重点基因。对qPAC12-4进行基因注释,共注释到109个基因,但并未找到与原花色素含量有关的基因,还需要进一步试验。