DNA分子标记是随分子生物学和生物技术的迅速发展而发展起来的一类新的较为理想的遗传标记。与形态标记、细胞学标记和生化标记三类遗传标记技术比较，它具有独特的优点。应用DNA分子标记特别是SSR标记鉴定水稻种子纯度和品种真实性具有准确可靠、经济简便、迅速等优点，正日益成为品种纯度鉴定的发展趋势。它可以为经营者杜绝假冒种子上市和育种者品种权益保护提供有效的法律依据。 本实验应用SSR标记对19份水稻材料进行特征DNA指纹筛选和纯度鉴定，并与田间种植材料进行单株对照实验。结果如下： （1） 从水稻的12条染色体上随机挑选了60对SSR引物进行了筛选，有41对能够在实验材料中显示较好的多态性，占检测引物的68.3％。其余18对不能扩增出特异性条带，1对无扩增条带，不符合纯度鉴定和特征性DNA指纹构建的要求。 （2） 通过用41对引物对19个供试品种的PCR扩增，得到了18个供试样品的特征标记，只有金山S-1未能找到其特征标记。供试品种中的4个F₁代都可以很好地找到它们的特征指纹。在所筛选的引物中，各个引物的表现有所差别，有的可以扩增出六种带型，有的可以扩增出五种或者四种条带类型。 （3） 供试材料中包括金山A-1和金山A-2、金山S-1和金山S-2等亲缘关系较近的品种。在寻找可以区别它们的特征标记时要通过筛选更多的引物才能做到，其筛选效率要低于亲缘关系远的品种。筛选出的41对引物没有一个可以扩增出供试的19个品种的全部特征指纹。但是可以通过最少11对引物组合将它们区分开来。 （4） 从19个供试材料中随机选出4个种植于田间，进行室内SSR标记纯度鉴定和田间种植单株对照实验。在这4个材料中，T优8086的田间纯度鉴定与通用SSR标记纯度鉴定存在0.25％的差异，但是四个品种整体看来田间纯度鉴定同SSR标记纯度鉴定间的差异为0.06％，差异并不显著，说明采用SSR进行品种纯度鉴定是可行的。