鸡球虫病（Coccidiosis）是由不同种类的艾美耳球虫引起的最具致病性的肠道疾病之一,造成鸡只出现下痢、血便、精神萎顿甚至死亡等症状,对畜禽业造成重大经济损失。鸡球虫病在世界范围广泛流行,球虫感染情况具有区域差异性。目前,鸡球虫耐药性普遍且严重,国内外学者致力于对其耐药性机制、新药的研发及新疫苗的制备等方面的研究,以期找到防治鸡球虫病的有效方法。近年来,研究学者将焦点转向基因水平及同工酶等的研究。而这些研究都需要用到品种单一的,基因型纯净的球虫卵囊。本研究首先采用单卵囊分离纯化技术,并通过形态学及PCR鉴定最终获得2株柔嫩艾美耳球虫湖北分离株,分别命名为Et2和Et8。通过鸡体笼养试验探究2株虫株的最短潜隐期、最短孢子化时间及致病性等生物学特性。结果表明Et2虫株最短潜隐期为129 h,最短孢子化时间为16 h,致病性较强,为强毒株;Et8虫株最短潜隐期为143 h,最短孢子化时间为18 h,致病性较弱,为弱毒株。随后,综合临床症状、增重、血性腹泻、卵囊产量、盲肠病变等情况,以抗球虫指数（ACI）作为评价2株虫株对莫能菌素、地克珠利、常山酮、磺胺氯吡嗪钠、癸氧喹酯及妥曲珠利这6种抗球虫药敏感程度的主要指标。结果表明Et2和Et8虫株对癸氧喹酯敏感,对其余5种抗球虫药均存在不同程度的耐药性。最后,基于ITS-1序列分析该分离株的亲缘关系,并通过全基因组重测序技术在基因水平上与参考基因组进行比较,获得差异信息。结果表明Et2虫株与Et8虫株的ITS-1序列测序结果一致,与E.tenella澳大利亚豪顿株（AF446075.1）共祖,与上海株（FJ449692.1）亲缘关系较近。对全基因组重测序结果进行过滤后得到2株虫株的单核苷酸多态性（SNP）、小片段的插入与缺失（In Del）、结构变异（SV）及拷贝数变异（CNV）数据。本实验成功分离并鉴定得到2株柔嫩艾美耳球虫湖北分离株,并鉴定了其生物学特性、对6种抗球虫药药物敏感性、与其他分离株的亲缘关系及基因组水平变异等信息。为后续对于艾美耳球虫耐药性机制、新药的研发、新疫苗的制备及同工酶等的深入研究提供了具备较全面信息的虫株材料,也为该地区抗球虫药物的使用提供了一定的指导性意见。