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目的:探讨应用DNA条形码标准序列对广西和云南树鼩群体进行分类鉴定的可行性,为树鼩种群的分类鉴别提供一个标准化的分子分类模式,也为后续建立高感染率的树鼩肝炎模型和培育优良品系提供可靠的遗传背景信息。方法:提取广西隆安和云南昆明树鼩种群共43只动物的全血基因组DNA,采用CO1基因作为条形码标记基因进行PCR扩增、产物纯化测序,结合Genbank数据库中下载的树鼩序列片段(海南亚种和普通树鼩),并通过MEGA等多种生物学软件来统计这4个树鼩种群的遗传学指标,如序列的长度、碱基组成、单倍型、保守位点、变异位点、简约信息位点、碱基替换、转换数与颠换数等,计算树鼩种群的种内遗传距离和种群之间的遗传距离,构建树鼩种群系统发育树进一步验证树鼩群体间的遗传差异。结果:1、PCR扩增和测序获得长度为638bp的CO1基因序列,无碱基插入或缺失,A、T、C、G四种碱基的平均含量分别占比为25.1%、29.3%、27.1%、18.5%,碱基A+T的平均含量明显高于碱基C+G的平均含量,有明显的A+T碱基偏倚现象,符合脊椎动物mtDNA碱基组成的特点。2、本实验树鼩种群归属于10个单倍型,其中隆安种群、昆明种群及海南亚种占9个单倍型,所有序列检测到保守位点470个,变异位点共168个,简约信息位点97个,碱基对转换数为31,颠换数为7,表明我国树鼩种群分化较多,种群资源丰富,具有遗传多样性。3、本研究的3个树鼩种群(隆安树鼩、昆明树鼩和海南亚种)种内遗传距离范围为0.00%-0.79%,中缅树鼩3个种群间的遗传距离在9.71%-13.59%之间,而它们与普通树鼩之间的遗传距离范围为20.43%-24.11%,种内遗传距离与种间遗传距离没有重叠区,存在明显的条形码间隔,表明DNA条形码能很好的鉴别不同地理类群的树鼩。4、系统发育树显示树鼩种群个体聚集趋势明显,同种不同个体分支长度较短,不同种群之间分支较长,同种不同个体都是先聚集到本种群的分支中,再与其它树鼩种群的支系聚集,证实了广西隆安树鼩与云南昆明树鼩是中缅树鼩的两个不同亚种群。结论:基于线粒体CO1基因的DNA条形码技术能有效用于树鼩种群的分类鉴定,本研究通过分析条形码在广西隆安树鼩和云南昆明树鼩的遗传差异证实了这两个群体为中缅树鼩的两个不同亚种群。