肺癌放疗患者放射性肺损伤易感基因全外显子组测序临床研究

来源 :济南大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:thriving_hehe
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目的:基于高通量全外显子组测序技术检测肺癌放疗患者的正常细胞基因状态,较全面地检测与放射性肺炎相关的易感基因,以预测严重放射性肺炎的发生风险,指导个体化放疗,规避或降低严重放射性肺炎的发生概率。材料与方法:本研究筛查了山东省肿瘤医院自2013年1月至2017年4月期间接受放射治疗的肺癌患者共1027例,对在放疗期间和放疗后6个月内接受规律随访和胸部CT检查的患者,根据CTCAE 4.0版,由三名放射肿瘤科医师评估确定放射性肺炎分级,记录患者放射剂量学因素及年龄,性别,KPS,吸烟史,肿瘤组织学类型,肿瘤分期等临床因素。将接受60Gy以上足量肺部照射未发生症状性放射性肺炎(RP 0-1级)的患者纳入对照组,将接受不超过66Gy肺部照射而发生严重放射性肺炎(RP 3-5级)的患者纳入易感组。采集入组患者全血样本5ml,集中提取DNA行全外显子组测序,分析两组之间的基因差异。结果:77例患者被纳入易感组基因分析,中位年龄62岁(40-79岁)、中位放疗剂量60Gy(40-66Gy);76例患者被纳入对照组基因分析,中位年龄59岁(34-84岁)、中位放疗剂量60Gy(60-75Gy)。Cox单因素及多因素分析均显示,年龄≥65岁为发生≥3级放射性肺炎的独立危险因素。全外显子组测序结果显示,两组之间有140个显著差异的突变位点,分别属于85个不同基因。从中,我们选取在2种及2种以上的分析方法中存在显著差异且所对应的基因组位置较集中(100Kb内出现≥3个有显著差异的突变位点)的区域作为阳性关联区域,共有四个:1)chr1:226550741-226589833,共有10个显著差异SNPs,差异最显著的SNP为chr1:226576270(PARP1 rs2255403),P=8.40×10-5;2)chr2:130897559-130948303,共有8个显著差异SNPs,差异最显著的SNP为chr2:130930819(SMPD4 rs2290295),P=8.29×10-5;3)chr8:21954973-21965113,共有4个显著差异SNPs,差异最显著的SNP为chr8:21955116(FAM160B2 rs11352),P=1.95×10-4;4)chr19:50909389-50922370,共有4个显著差异SNPs,差异最显著的SNP为chr19:50921272(POLD1 rs2445837),P=1.14×10-4。对所有差异显著位点所代表的85个基因进行功能富集分析,结果显示DNA修复相关生物学过程的富集倍数及显著性较高,涉及到的基因包括PARP1,POLD1,RPS27L,SLK和UPF1,其中PARP1与POLD1处于上述关联分析阳性区域。结论:1)PARP1 rs2255403位点的A等位基因频率在易感组中为69.9%,对照组中为47.3%,说明PARP1 rs2255403 AA/AG基因型比GG基因型具有更高的发生重症放射性肺炎的风险;2)SMPD4 rs2290295在易感组中有45个CC、32个TT/TC,TT/TC概率为41.6%,在对照组中有66个CC、10个TT/TC,TT/TC概率为13.2%,说明SMPD4rs2290295 TT/TC基因型比CC基因型具有更高的发生重症放射性肺炎的风险;3)FAM160B2 rs11352在易感组中有23个TT/TC、54个CC,CC概率为70.1%,在对照组中有5个TT/TC、71个CC,CC概率为93.4%,说明FAM160B2 rs11352 CC基因型比TT/TC基因型具有更低的发生重症放射性肺炎的风险;4)POLD1 rs2445837位点的T等位基因频率在易感组中为92.9%,对照组中为78.3%,说明POLD1 rs2445837 TT/TC基因型比CC基因型具有更高的发生重症放射性肺炎的风险;5)年龄≥65岁为发生≥3级放射性肺炎的独立危险因素。
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