在党的十六届三中全会中明确指出了在今后工作中要:“改善乡村卫生医疗条件，积极建立新型农村合作医疗制度，实行对贫困农民的医疗救助”。在2003年，新型农村合作医疗制度在我国开始试点。新型合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参与，个人、集体和政府的多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。自这项制度实施以来，随着新农合受益覆盖面的逐年扩大，国家对新型农村合作医疗投入不断增加，新农合的筹资水平和报销比例也稳步提高，有效地减轻了广大农民的医疗负担。该项制度显示出政府卫生投入趋向合理、设计趋向科学、影响和意义值得肯定，但其存在的缺陷是不容忽视的。通过对新型农村合作医疗制度的利益三方的利益平衡来解释这些缺陷所产生的原因，才可以采取相应的对策，不断改善提高新型合作医疗制度的科学性及合理性。　　 本文运用理论研究与实例分析相结合的方法和历史研究与现实结合的方法从多角度全方位审视了我国新型农村合作医疗制度的现存问题，指出了只有考虑到对新型农村合作医疗制度实施过程中三方利益的利益平衡，才能使这一正真惠农的制度能够健康运行，对于从长远上解决农民的医疗保障问题、构建农村医疗保障体系、促进农村经济发展和社会稳定都有着极其重要的意义。