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现生鲸目(Cetacea)包括须鲸亚目(Mysticeti)和齿鲸亚目(Odontoceti)。目前，鲸类系统学研究的热点问题包括：1)齿鲸亚目(Odontoceti)和须鲸亚目(Mysticeti)的关系；2)海豚总科(Delphinoidea)内三科之间的关系；3)海豚科(Delphinidae)、鼠豚科(Phocoenidae)、淡水豚类中各亚科、属、种的演化地位等(May-Collado and Agnarsson，2006)。普遍认为鲸类的祖先从陆生到水生进化中，伴随着形态上的快速放射性辐射，这也许能解释为什么形态学性状难以解释鲸类在哺乳动物中的系统发生地位。因此，本文从线粒体全序列和核基因内元的角度对鲸类系统发生关系进行探讨。
本文对7种海豚线粒体全序列的测序，并结合其它已知的11种鲸类和3种偶蹄类，采用最近发展的速率自相关模型来构建鲸类的系统进化树。我们的结果支持了鲸目和齿鲸亚目的单系发生；支持了一角鲸科(Monodontidae)和鼠豚科(Phocoenidae)为姐妹群；瓶鼻海豚属(Tursiops)和原海豚属(Stenella)均为非单系群，表明海豚科目前的分类低估了这个科的多样性；而恒河豚科(Platanistidae)和白鱀豚科(Lipotidea)的系统地位仍不能解决，这暗示了早渐新世到晚渐新世和中新世早期都存在快速物种爆发。
本文还测定了13种鲸类和2种偶蹄类的18个核基因内元序列，联合这些序列探讨了现生鲸类主要类群的系统发生关系。结果发现，海豚科(Delphinidae)和鼠豚科(Phocoenidae)以高的置信度组成单系(PP=1.00)，分化时间大约在晚中新世；瓶鼻海豚属(Tursiops)和原海豚属(Stenella)均为非单系群；Sousa，Tursiops，Stenella和Delphinus四个属具有较近的亲缘关系，间接证明了Sousa-Stenella-Tursiops-Delphinus-Lagenodelphis(STDLs)复合体的单系性。