毒品犯罪活动的特殊性决定了对其进行侦控、证明时存在困难。基于此,司法机关在在打击和认定毒品犯罪的程序和证据要求上都有所降低,甚至出现滥用权力的现象。另外,司法机关也会因为毒品犯罪证据单一、主观证明的困难而出现放纵犯罪的现象。所以,限制毒品犯罪中侦查权力的滥用、完善证据的审查和收集制度,在打击毒品犯罪活动中平衡惩罚犯罪和保障人权的价值追求至关重要。通过对Y区毒品犯罪惩治现状进行实证考察,发现了以下问题:第一,在特情介入毒品犯罪侦查中,对特情人员的管理及程序控制不足,未履行法定审批程序,容易出现侦查人员、特情人员谋取私利、违法犯罪的现象。第二,在实施控制下交付时,存在各机关之间协调不畅、启动程序随意、对犯罪嫌疑人的事后救济缺失等问题。第三,司法人员在认定毒品犯罪主观明知时,存在不敢推定、滥用推定和推定说理不足等问题。第四,在毒品犯罪证据的收集上,存在怠于收集证据、收集手段单一、过度依赖言词证据等问题。为完善毒品犯罪侦查程序、规范证据适用,提出以下措施:第一,完善特情管理和适用程序。在特情选用管理上,应当明确特情的物建条件、建立档案及保密制度,并通过协议的方式明确特情的任务及工作界限。在程序适用上,应当严格遵守法定的启动程序、确立定期汇报制度、保障特情人身安全、建立向检察机关事后备案制度。第二,在控制下交付程序中,应当以“发现毒源和掌握部分犯罪事实”为启动条件,严格遵守启动程序。另外,建立事后告知与救济程序,保障犯罪嫌疑人的知情权。第三,司法人员使用推定认定毒品犯罪主观“明知”时,应当以基础事实真实、客观证据充分为前提。法官采用推定方式查明案情时,应当遵循个案权衡原则,积极履行心证公开义务。第四,在证据收集上,侦查机关应当积极主动收集证据,充分发挥技术侦查的优势挖掘犯罪线索;在庭审中,应当倡导重大毒品犯罪活动中特情人员出庭作证。