随着逐年增加的科研经费投入额,科研项目的数量和金额也越来越大,这不仅增加了科研项目的复杂度,还给科研经费的内部审计带来了新的困难。在对高校科研经费使用进行内部审计中发现的主要问题是对科研经费管理的内部控制关注度不够、审计人员的专业能力不足、审计工作范围狭窄、对审计结果的利用效果低下等。这些问题的存在使高校不能对科研经费进行有效的管理,导致近几年来高校科研经费使用的违法违规现象频繁发生,科研经费流失严重。内部审计不仅没有充分发挥作用,还仅仅是流于形式,走走过场。这严重阻碍了科研经费的规范管理,使科研项目的不能顺利开展,弱化了科研经费的使用效能。因此,如何科学、有效的设计并实施科研经费管理的内部审计制度和技术方法,成为当前学者研究解决的重要课题。因此,本论文的研究对象是高等院校科研经费使用及管理的内部审计,对审计过程反映出来的一系列审计问题结合案例归纳总结并分析,发现问题背后存在的几个共性问题,进一步探讨我国高校科研经费使用及管理的内部审计在审计制度的漏洞,最后在参考国内外先进审计制度和技术方法的基础上,研究在我国社会经济不断发展变化、科研经费不断增加并日益复杂的情况下,积极实施审计制度改革、改变审计现状的有效途径:第一,提高对学校科研经费审计监管的重要性认识;第二,加强审计管理的创新,扩大审计范围;第三,完善科研经费内部审计的结果利用机制,充分发挥审计成果。本论文从这三个大的方面细化到五个具体的措施,提出改革高校科研经费内部审计措施和建议,希望能为科研管理部门提供更好的管理办法,正确引导科研人员的经费使用行为,完善内部审计部门的建设,积极发挥出内部审计在科研经费使用及管理中的监督、管理和评价功能。