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本研究基于已发表的三七(Panax notoginseng)叶绿体基因组,开发分子标记,对9个三七栽培居群,共计89份样本进行遗传多样性分析。9个取样地分别为:文山市、砚山县、麻栗坡县、马关县、丘北县、广南县、建水县与蒙自县。DNA从三年生三七新鲜叶片提取,提取方法为CTAB法与试剂盒法。本研究所用分子标记由cpSSR(chloroplast simple sequence repeat)、cpDNA(chloroplast deoxyribonucleic acid)多态性位点与matK基因三种类型组成。通过搜索三七cpDNA,获得90个cpSSRs,引物设计成功的有7对(cpSSR-1~7),6对可扩增条带,引物cpSSR-5凝胶结果显示明显条带差异性。cpSSR以三碱基重复类型为主,占比70~71%;二碱基重复最少,占比7%。比较cpSSR分布位置,分布于基因区的cpSSR占比高于基因间区。基于重复单元的类型与重复次数差异,确定研究重点区域为:psbJ-psbL、rpl14-rpl16和ycf1。基于三七不同cpDNA序列比对结果,共获得30个多态性位点(14个In Dels与16个SNPs),获得11对引物。多态性位点在基因间区的分布高于基因区,这与cpSSR的分布相反。根据基因区或基因间区含有多态性位点数目,确定研究重点区域为:trnH(GUG)-psbA、psbM-trnD(GUC)、rpl14-rpl16、atpF-atpH、psbZ与ycf1。这与cpSSR确定研究重点区域rpl14-rpl16和ycf1重叠,将作为本研究重点分析区域。根据DNA凝胶电泳的结果区分度,本研究将重点放在cpInDel(chloroplast insertion-deletion);并确定引物pgcp019与pncp08可用于三七栽培居群的区分。本研究重点是基于三七cpDNA多态性位点开发分子标记。在确定的多态性位点中,不包含matK基因,考虑到matK基因是常用分子标记,设计matK基因作为对照(验证本研究确定多态性位点是否可靠)。matK基因凝胶电泳结果并未观察到明显的条带差异性,考虑到凝胶电泳的区分度(SNP与InDels小于5 bp难以观测),需要通过测序进一步验证。ycf1基因作为重点研究区域,亦作为matK基因对照之一。ycf1基因从凝胶结果明显可见差异性,但存在非特异性条带,未对其进一步研究。本研究确定对cpSSR-5、pgcp019、pncp08与pncp-M(matK基因引物)四对引物扩增结果测序。基于测序结果,引物cpSSR-5确定2种SNP单倍型与10种InDel单倍型,可区分4个栽培居群;引物pgcp019划定SNP与In Del的单倍型种类分别为5与7,可区分5个栽培居群;引物pncp08获得4种In Del单倍型,可区分2个栽培居群;引物pncp-M划分SNP单倍型9种,InDel单倍型14种,可区分居群数为6。基于本研究结果,引物pgcp019与matK基因都具有一定程度的区分居群效果。这说明本研究确定多态性区域,具有一定的参考价值。基于引物pgcp019与matK基因测序结果,构建NJ系统进化树,分别聚为4个与6个类群。从划定的类群与单倍型种类出发,引物pncp-M的区分效果优于引物pgcp019。但综合考虑(综合序列长度、群体π值和平均核苷酸差异数等指标)表明引物pgcp019区分居群效果优于matK基因。基于四对引物测序结果,采用SNP与InDel分别获得单倍型,通过组合,得到39种组合单倍型。根据居群内特有组合单倍型,可区分9个栽培居群。基于居群内组合单倍型数目,确定居群3(麻栗坡县)的遗传多样性最高。