艾滋病是世界性重大公共卫生问题和社会问题，其传播很大程度上与人群的个人行为、经济和社会政策密切相关，且至今在医学界还没有找到可以治愈这种疾病的药物，因此综合防治是目前对付艾滋病的最好手段。如何准确的综合评价各地的防治情况，对提高艾滋病防治资源利用效率和艾滋病综合防治工作质量具有重大的现实意义，目前尚未有比较成熟的综合评价体系和方法。本文在采用文献复习法和三轮专家咨询的基础上，拟定了一套艾滋病防治绩效综合评价指标体系，第三轮专家咨询结合层次分析法给各级指标赋予权重；以重庆市39个区县为评价对象，收集各个区县从2006年到2012年这七年间的三级指标数据进行评价分析。为克服单一评价方法的片面性，本文运用了Z分值法、Topsis法、秩和比法、密切值法、加权线性综合指数法、功效系数法、混合综合指数法7种综合评价的方法对各个区县的艾滋病防治工作进行综合评价。在此基础上，本文引入了一种新的评价方法：系统状态描述方法，旨在用全新的思路来进行综合评价。本文建立了一套由2个一级指标、6个二级指标和31个三级指标组成的艾滋病防治综合评价指标体系；专家对各级指标的等级打分，均通过了一致性检验。在对39个区县7年的防治工作进行评价时，首先采用了7种传统综合评价方法。7种传统综合评价结果显示，7种方法的排序结果一致性较差，运用Kendall一致性检验对各个评分结果进行两两检验，挑选出W值最大的评价方法进行综合重排序评价，最终选定了Z分值法、密切值法、Topsis法进行综合重排序评价。然后将重庆市各个区县看作一个区域系统，运用系统状态描述方法对其进行分析，以各区域的状态值作为分类指标，结合K-means聚类法将区域系统聚为三类，并将三大类区域的指标差异进行了分析描述。结果表明，借助系统状态描述方法的核函数工具和尺度工具，以系统的角度去分析各区域的艾滋病防治工作，其分类结果与传统的评价方法有较好的一致性，表明系统状态描述方法能够有效的运用于艾滋病防治工作的评价，为今后的艾滋病防治工作评价提供了一种新的评价思路和方法。