限期治理作为一项具有中国特色的环境管理制度，对我国的水污染防治工作有着不可磨灭的贡献，但“限改令”也逐渐异化为“护身符”使得很多被限期治理单位在治理期间更加肆无忌惮的超标排污，也给环境保护带来了很大的负面影响。今年来水污染防治领域的限期治理制度有更加明确具体的规定，给环境保护工作带来了希望。但欣喜的同时我们又不得不承认，水污染防治法中的限期治理制度仍存在诸多问题难以适用，给环境执法带来了新的难题，如对水污染防治法中限期治理具体适用前提不明确，存在是否缩小了限期治理制度适用范围的争议、对限期治理决定程序的详细规定虽然能保证环保部门不胡乱下达限期治理命令，但是明显太过繁琐造成行政效率低下、环境保护部门在决定限期治理和限期治理的具体实施过程中容易出现滥用行政权的现象、排污单位逾期不能完成限期治理任务等问题。本文从限期治理制度的基本理论出发，着重研究水污染防治法领域中限期治理制度存在的问题并从明确适用前提解决适用范围争议、尊重程序正义的基础上探索合理的简易程序、引入代履行制度完成治理任务丰富限期治理制度以及强化环境保护主管部门和排污单位的法律责任等角度来提供对策将限期治理执行过程中遇到的问题一一化解。