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以抗、感玉米南方型锈病的自交系P25和F349的F1代与F349为轮回亲本回交所得BC5代近等基因系为材料，以RGA(抗病基因同源序列)策略在抗病近等基因系的DNA中克隆出一条321bp的特异条带，经序列比对，这条序列在DNA水平上与抗普通型锈病的相似性达到95％。根据序列分析的结果，设计出新的引物作为分子标记在96株NIL群体上进行PCR扩增，其中94株的田间抗、感结果与分子检测结果一致，选择效率达97.9％。所设计引物扩增出的条带为1032bp，扩增效果清晰，可重复性强，可用于分子标记辅助育种的研究。同时详细分析所得到的序列发现，抗南方型锈病基因比Rp1多了EGKAKSKKSLL一段氨基酸；而在序列的下游，得到的序列比水稻的预测的NBS-LRR型抗病蛋白基因多了CYPVVKETSSKQPYC一段氨基酸序列。同时得到的片段序列具有LLVLDD即kinase2的保守结构域。初步认为抗南方型锈病的基因序列可能与抗普通型锈病基因序列的插入和缺失有关。