本文采用三种分子标记技术AFLP (amplified fragment length polymorphism),SSAP (sequence-specific amplified polymorphism)和MSAP (methylation-sensitive amplified polymorphism),首次较系统的研究了松嫩草原4个短芒野大麦(Hordeum brevisubulatum (Trin.) Link)人工种植种群96个单株的遗传和基于DNA甲基化的表观遗传多样性及群体遗传结构分化,并对这三种分子标记进行了比较分析。本文提出了一种改良的数据分析方法用以分析MSAP检测到的DNA甲基化多态性数据。为了检测这套分析方法的实用性,将MSAP分析结果与AFLP和SSAP的结果进行了比较,发现通过MSAP检测到的DNA甲基化数据可以有效的检测和评价短芒野大麦人工种群中基于DNA甲基化的表观遗传多样性和群体表观遗传结构变化。由于采用了高通量的分子标记方法进行分子生态学分析,每个人工种群中选取大于12个植株的样本数量就可以代表绝大多数种群遗传信息。根据这一原则我们分析了多个多样性指标,并进行了基因流分析、遗传距离分析、聚类分析、PCA分析和AMOVA分析。所有分析结果都得到相似的结论:POP2种群的多样性水平最低,且人工种群的多样性水平明显低于天然种群。从各项指标来看,SSAP能够检测到更多的变异,更多的遗传多样性,更适合该物种种群分子遗传学分析。通过Mantel检测我们还发现,MSAP,SSAP和AFLP三个分子标记系统的分析结果有着很高的相关性(r>0.8)。这虽然与其它研究中发现DNA甲基化多态性和经典遗传多样性没有相关性的结果不一致,但这似乎在一个方面支持了一些研究者的猜测,即在特殊的生境下(例如土地盐碱化等),植物表现出的高度多样性可能是在表观遗传调控下对特殊生境适应的结果。我们在分析过程中将本研究的分析结果与先前对天然短芒野大麦种群的分析结果进行了比较,发现MSAP检测到的DNA甲基化变异与AFLP和SSAP检测到的序列变异不同,在人工种植的种群中序列变异的多态性较之天然种群中有明显的降低,而DNA甲基化变异则几乎保持了与天然种群相当的多态性。这表明短芒野大麦人工种群中DNA甲基化模式的改变在与DNA序列变异有相关性的同时,也受其他调控机制的控制。