对于内含子丢失和获得的模式以及它们在基因进化的过程中所起的作用人们还知之甚少。我们对果蝇的所有已知序列的基因进行了筛选，得到了604个符合要求的蛋白质编码基因，对这全部的604个基因以及它们在脊椎动物(人、大鼠、小鼠)、昆虫(冈比亚按蚊)和植物(拟南芥)中的同源基因进行了比较分析。在所分析的具有50％氨基酸序列相似性的保守区域中，这些基因一共含有12585个内含子，其中有3074个保守内含子位点。根据这些内含子位点我们系统地分析了这6个物种基因组中进化过程中内含子分布差异及造成这些差异的原因。研究结果表明脊椎动物、双翅目昆虫和拟南芥的共同祖先(一种10亿年前的早期真核生物)的基因组拥有大量的内含子，其编码蛋白质的基因中的内含子密度超过了双翅目昆虫；双翅目昆虫在进化中丢失了大量的内含子，丢失的内含子远比获得的内含子多。脊椎动物获得了大量的内含子，获得远比丢失的内含子多。另外，通过研究获得的内含子的分布情况，我们发现，内含子的获得在一定程度上导致了现存基因的内含子中插入相0的内含子最多这一倾向；我们还根据研究结果提出了一个假设：就象内含子贫瘠的真核细胞一样，在富含内含子的真核细胞中，内含子丢失的主要原因也是从基因的3’末端的多聚腺苷开始的反转录之后的同源重组；在进化中，脊椎动物内含子的长度有显著的增加，双翅目昆虫外显子的长度也有明显的增加。