在中国—东盟的合作与纷争之中,始终有理论研究的支持。其中有冷战后的国际关系理论、自由贸易区理论、中国国家战略理论、南海争端的解决方法探索等等。中国在南海问题上“搁置争议,共同开发”的观点,上升到理论上就是求同存异的观点。历史、现实、客观地认识、处理中国与东盟在南海区域的纷争,切实地履行中国与东盟签署的《南海各方行为宣言》,促使中国—东盟自由贸易区的进程有一个良好稳定的周边环境,具有重要的理论及现实意义。在双方合作过程中,合作框架的形成和完善则应该看做是国际合作正朝向规范化、制度化、法律化的良性发展。另外,中国与东盟国家之间产品的竞争互补性也需要研究。建立自由贸易区的双赢理论,不仅在经济上对中国和东盟是互惠双赢的,而且在政治上和安全上也是有利的。双边贸易增加了,经济技术合作加强了,双边的政治与安全关系也会随之发展,促进睦邻友好,本地区的局势也会更加稳定。这样中国和东南亚各国都会有一个稳定的地区环境来发展经济。可见,对于中国和东盟双方来说,建立自由贸易区,在经济上和政治外交安全上都同等重要。当今世界和平和发展是永恒的主题,但合作中,时时伴随着纷争。中国要解决好同世界各国尤其是周边国家的问题,关系到民族和国家的尊严、利益。一个国家的生存发展不仅仅体现在本国自身经济发展上,同时也体现在国际政治层面的交往之中。南海的主权在我,中国的主权问题不能谈判。中国与部分东盟国家存在矛盾问题的现状下,只有加强同东盟的合作,才有利于我国经济的发展,政治的稳定,周边的安全。本论文也论述了在解决中国与部分东盟国家交往中的对策。