论文部分内容阅读
十字花科的分类长期以来一直是科学家们的研究热点。为了从分子水平上提供一些十字花科系统分类上的信息,本论文根据△-12desaturase基因序列的对十字花科5个族16个属26种材料进行了分子进化和分子系统学分析。
根据GENBANK中Arabidopsisthaliana、Brassicanapus、B.campestris、B.juncea,B.oleracea、B.carinata等植物的△-12desaturase基因设计保守引物,利用十字花科5个族16个属26种材料的植物总DNA进行了该基因的PCR扩增,通过用酶切识别位点只有四个碱基的SAU3AI酶对重组质粒进行酶切鉴定,在每个材料中均得到至少一个约800bp大小的PCR产物,有些材料中该基因有2-4个拷贝。
本论文首先对所有扩增序列进行了序列比对,分析了该基因的一些进化信息。结果表明,该基因GC含量较高,而且其同义异义替换比值(ks/ka)大致在1左右,转换颠换的平均比值为1.25,说明该基因在进化过程中趋近于保守,且属于中性进化。在对该基因的位点分析中发现信息位点数占总位点数的36.7﹪,变异位点数占总位点数的18.8﹪,表明该基因比较适合科以下的分子系统学研究。
基于△-12desaturase的基因序列运用邻接法、最大似然法、最大简约法、贝叶斯四种方法构建了十字花科26个物种的系统进化树。结果显示NJ树与MP树的拓扑结构几乎完全相同,置信度也相差无几。四种树之间虽然有一些差别,但大致上与经典的分类方法相差不大。
本实验构建的进化树中,基本上分为两个大枝:芸苔族一个大枝,独行菜族与南芥族聚为另一个大枝。芸苔族中各属种之间的亲缘关系由于本实验中有多拷贝的现象,而且有的物种的多个拷贝并不聚在一起而导致最后结果的推断性较大,但基本的结论还是与经典分类一致。关于独行菜族与南芥族的亲缘关系,国内外一直有不少争议,主要体现在拟南芥属、荠属、独行菜属的划分。在本实验中,据本实验结果基本上可以将在形态学上划分在南芥族、独行菜族中的八个属的材料划分为如下三组:(1)拟南芥属、荠属;(2)碎米荠属、蔊菜属、山芥属、独行菜属;(3)薪蓂属、菘蓝属。
菘蓝属的菘蓝和欧洲菘蓝总是聚得很紧密,同时薪蓂属中薪蓂也与二者相聚较近,说明这两个属有较近的亲缘关系。本实验中作为香花芥族的代表种桂竹香与南芥族的物种总是相距很近,因此这两个族应该有较近的亲缘关系,但由于我们只选取了桂竹香这一种材料,以此来说明的两族之间的亲缘关系并不十分令人信服。