随着中国改革开放在农村的进一步深化，在地方政府的大力推动下，以社区资产股份合作社、土地股份合作社、农产品专业合作社为发轫的新型“三大合作”成为上世纪九十年代中国启动新一轮农村集体经济发展、促进农民致富的重要举措。工商总局发布统计数据显示，截止2013年一季度，全国实有农民专业合作社数量已经超过73万户。新型农民合作经济组织将分散的农村资源、资金、资产和劳动力进行整合，有利于进一步优化调整农村产业结构，提高生产经营效益，拓宽农民致富门路。但是规模小，资金少，管理人才有限等诸多因素限制，我国的新型农民合作经济组织还是处于发展初级阶段。近年来，沿海一带的地方政府努力发挥政府职能，不断突破合作化限制，推动新型农民合作经济组织向规模化、市场化、科学化发展，取得不错的成效，苏州市吴中区即是其中一例。本文在梳理新型农民合作经济组织的定义和功能，并论述地方政府对新型农民合作经济组织所发挥职能必要性的基础上，借鉴国外政府对合作经济组织的管理方式和管理成效，介绍了苏州吴中区政府推动新型农民合作经济组织发展历程、具体做法和发展成效，得出吴中区新型农民合作经济组织发展中的政府职能启示。同时，也客观的指出吴中区新型农民合作经济组织发展遇到的问题，即在主体地位明确、扶持政策落实、管理制度执行、经营收益等方面还需要进一步改善，并针对这些问题，提出地方政府推动合作经济组织职能定位和实现职能优化途径的建议。