本研究在基于前人的基础上，优化了沉积色素的HPLC的测定方法。测定分析了表层沉积色素的分布特征、沉积色素的空间分布特征和典型柱状样沉积色素垂直分布特征和沉积记录分析，分析结果如下：东海赤潮高发区表层沉积物中总有机碳（0.15%～0.94%）和总氮（0.02%～0.14%）含量由北向南含量逐渐增加，在舟山群岛以及象山县以南形成高值区；表层沉积色素分析表明，研究区具有较丰富的生产力，象山县以东较适合甲藻的生长，整个区域含有一定量的硅藻、青绿藻、定鞭金藻、隐藻以及蓝藻等；C/N比值说明了研究区内有机质主要是本地生产力的贡献，受陆源输入影响较小。东海赤潮高发区总有机碳和总氮空间分布特征是从杭州湾向南经舟山群岛以及象山县含量逐渐增大，在象山县近岸色素空间分布值最高。沉积色素空间分析结果表明，研究区最南部的zc17站位30cm以内的空间具有较高的生产力和较丰富的甲藻含量；舟山群岛近岸30cm以内硅藻和原绿球藻空间分布值较高；象山县附近的隐藻和定鞭藻的特征色素沉积值最高；叶黄素分布趋势表明杭州湾受杭州湾及长江口陆源输入影响较大。东海赤潮高发区近岸za3站位柱状样整体沉积速率平均为0.827cm/a，由于受1998年我国长江流域洪涝灾害的影响，大量陆源物质输入到长江口流域，使有机碳和总氮出现高值拐点。沉积柱部分色素垂直分布趋势具有相似性，如受极性的影响叶绿素c3、多甲藻素和紫黄素在10cm以内沉积表层的有氧区内易降解；而其余大部分沉积色素显著降解是在20cm以内，降解较为缓慢；叶绿素C2、多甲藻素、岩藻黄素和叶绿素a检测出来的分布差异较大，表明了色素的垂直分布特征与色素的极性和在沉积物中的降解速率相关；硅藻黄素、玉米黄素、叶黄素、叶绿素b、二乙烯基叶绿素a和β胡萝卜素等均在整根沉积柱中检测出来，说明这些色素在沉积环境中具有较强的抗降解能力。沉积色素记录分析表明，50年代以来东海浮游植物量持续增加且多次出现生物量的突发值，表明50年代以来此海域营养物质不断增加；其中50～80年代由于受到陆源营养物质输入的影响，此海域总生产力加大，说明营养物质对藻类丰度有正影响作用；80年代以后，硅藻生产力变化不显著，而其他藻类含量所增高，如甲藻、隐藻、绿藻等。