重庆市F县地处三峡库区腹心地带,地表水系以长江干流为主,境内河流均属长江水系。在污染物排放量大,风险隐患多的背景下,确保长江三峡库区重庆市F县段生态环境安全,是重庆市F县践行新发展理念,实现生态优先、绿色发展的必由之路。畜禽养殖所产生的污染物成为农业面源污染重要来源,根据2010年第一次全国污染源普查数据,我国全国污染物排放总量中农业面源污染排放占比为57%,而农业面源污染排放中畜禽养殖排放占比为68%。在农业面源污染排放中畜禽养殖贡献了96%的化学需氧量、38%的总氮、56%的总磷。当前生态环境保护压力成为限制畜禽养殖进一步发展的限制性因素,如何实现畜禽养殖现代化绿色发展成为亟待解决的问题。如何采取高效、经济的政策措施来促进养殖业主,对畜禽养殖污染物进行综合资源化利用刻不容缓。本文在畜禽养殖存在严重外部性问题、畜禽养殖与生态环境的价值冲突和畜禽养殖污染亟待公共治理等理论基础上,以重庆市F县为例。讨论重庆市F县畜禽养殖及其污染概况,查找重庆市F县畜禽养殖治理存在的问题,发现政府综合监管存在困难、养殖污染物直接排入外环境、污染防治设施不正常运行、规模以下养殖污染严重、养殖废弃物综合利用不足等问题。分析问题原因,从而提出畜禽养殖污染防治的优化对策:强化多方合作,明确职责分工;加强宣传引导,提升生态意识;提供技术服务,处理养殖污染;增加资金投入,降低治污成本;科学编制规划,调控养殖区域。