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紫菜是重要的海洋经济藻类，它的许多重要经济性状，如产量、品质和抗逆性等都是由多基因控制的数量性状。随着分子遗传学和基因组学的发展，构建遗传连锁图谱并在此基础上实现重要经济性状的QTL定位是遗传改良实践中一个重要和必不可少的组成部分，这不仅可以为相关基因的精细定位和克隆奠定基础，也可以为分子标记辅助选择和分子设计育种准备基因资源。本研究以野生型坛紫菜纯系(♂)和经过人工诱变选育的桔红色纯系(♀)作为杂交亲本，结合四分子分析法及单个体细胞克隆丝状体途径创建了由157个株系组成的坛紫菜DH作图群体，并采用SRAP和SSR双分子标记进行基因型分析，构建了坛紫菜的高密度遗传连锁图谱，并在此基础上首次实现了坛紫菜重要经济性状的QTL定位。
1、以经过筛选的24对SRAP引物和16对SSR引物对DH作图群体杂交亲本及157个DH株系进行了双标记分析，共扩增出994个位点(包括872个SRAP标记位点和122个SSR标记位点)，其中224个位点(包括190个SRAP标记位点和34个SSR标记位点)在亲本中表现为多态性，并在子代中产生了分离。经卡方检验157个标记符合孟德尔分离规律(P≥0.05)，其中SRAP标记132个，SSR标记25个。根据这些标记间的连锁规律，构建了坛紫菜分子遗传连锁图谱，所构建的遗传图谱由包含124个标记(含SRAP标记104个，SSR标记20个)的5个连锁群组成，总长度为879.2cM，平均标记间隔为7.09cM，各个连锁群长度为134.2～213.6cM，包含标记18～31个。采用三种不同方法计算得到坛紫菜的估计基因组长度平均为955.3cM，由此得到坛紫菜遗传连锁图谱的基因组覆盖率为92.0％。
2、根据DH作图群体的双标记分析结果，利用GGT软件绘制了157个DH株系的图示基因型图，并对各DH株系的亲本基因组成比例及染色体交换重组比率进行了分析。不同DH系亲本基因组所占比例相近，父本基因组所占比率(基因频率)在30.9～75.1％之间，单株平均为52.6％；母本基因组所占比率(基因频率)在23.7～69.1％之间，单株平均为47.3％。整个DH群体平均重组率为6.28％，未发现罕见交换染色体。
3、对坛紫菜DH作图群体中157个株系的长度(FL)、宽度(FW)、厚度(FT)、鲜重(W)、长度生长率(LGR)和重量生长率(WGR)6个性状数据进行了统计分析，结果表明：6个性状在DH群体中均呈现为连续的变异，变异系数在20.43～50.35％之间，符合正态分布的特征；各株系6性状均值均介于两亲本之间，但表现为接近父本。相关分析表明藻体鲜重(W)与FL、FW、LGR、WGR4个性状表现出明显的正相关。并对各性状的遗传力、控制基因对数和基因间的互作进行了分析，6个性状的遗传力值均在70％以上，且与控制性状基因对数成反比，其中厚度的遗传力最高(95.30％)，控制基因对数最少(7.52)。最后，利用峰度系数和偏度系数对基因间的互作进行了分析，结果表明控制LGR的各基因间无互作作用，控制FW和W的基因间存在互补作用，控制FT和WGR的基因间存在互补或重叠作用。
4、根据所构建的坛紫菜遗传连锁图谱及相关数量性状的统计分析结果，对坛紫菜FL、FW、W、FT、LGR和WGR6个数量性状进行了QTL定位，共定位出7个生长和品质相关的QTL，单个QTL可解释表型变异在5.44％～12.14％之间。其中检测到1个宽度相关QTL，定位在第5连锁群上；检测到2个鲜重相关QTL、1个长度生长相关QTL、1个鲜重生长相关QTL，这4个QTL均定位在第4连锁群上；检测到2个与厚度相关QTL，分别位于第1和第2连锁群。