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牛A群轮状病毒（Bovine rotavirus A,BRVA）是导致犊牛腹泻的重要病原,给全世界养牛业带来巨大的经济损失;并且BRVA跨种间传播的公共卫生意义越来越受到关注。本实验室前期研究结果显示,青藏高原牦牛BRVA的感染普遍,是导致犊牦牛腹泻的重要原因。但目前牦牛源BRVA的分子特征和基因组研究资料严重匮乏,制约了该病的防控。本研究的目的是调查当前青藏高原牦牛源BRVA的流行基因型和基因组特征,取得如下成果:1.2017-2018年青藏高原部分地区牦牛源A群轮状病毒的检测为了解当前BRVA在青藏高原部分地区牦牛中的流行情况,于2017年6月-2018年7月采集了川西北草原和西藏阿里地区的29个牧场共219份犊牦牛（≦3月龄）腹泻粪便样本,采用特异性RT-PCR方法对BRVA进行检测,并进一步对BRVA与BCoV和BVDV的混合感染情况进行调查。结果显示,川西北地区牦牛源BRVA的检出率为61.62%（114/185）,西藏阿里地区牦牛源BRVA的检出率为52.94%（18/34）,证实BRVA感染仍然是当前川西北和西藏阿里地区引起犊牦牛腹泻的主要原因。其中,BRVA与BCoV的混合感染率为70.45%（93/132）,与BVDV混合感染率为18.94%（25/132）,并且与BCoV和BVDV混合感染情况严重,为犊牦牛腹泻的诊断和防控提供了参考。2.牦牛源A群轮状病毒VP4和VP7基因的分子特征研究VP4和VP7蛋白是轮状病毒的外衣壳蛋白,可诱导机体产生中和抗体,VP4决定P型,VP7决定G型。为了解牦牛源BRVA的VP4和VP7分子特征,本研究随机选取四川、西藏、青海、云南地区的86份牦牛源BRVA阳性样本,接种MA-104细胞进行盲传3代后,经RT-PCR检测为BRVA阳性的样本用于扩增VP4和VP7部分基因序列,利用RotaC软件进行分型,并分析其分子特征。结果表明,86份样本中,65份样本检测为BRVA阳性。其中34个样本扩增出长度为667bp的VP4基因片段,分型结果表明,P[1]型为94.12%（32/34）,P[11]型为5.88%（2/34）。26个样本扩增出长度为885bp的VP7基因片段,分型结果表明,G6型为88.46%（23/26）,G10型为11.54%（3/26）。同时扩增出VP4和VP7基因的17个样本中,G6P[1]型为94.12%（16/17）,G6P[11]型为5.88%（1/17）,G6P[1]型是青藏高原地区牦牛中的主要基因型。系统发育树表明,来自4个不同省份的G6型毒株VP7基因和P[1]型毒株VP4基因分别独立的聚为一大支,未显示出地域的区别,并且与国内牛源G6型和P[1]型毒株有显著的遗传距离,表明G6P[1]型牦牛源BRVA有着独特的进化特征,丰富了牦牛源BRVA的分子特征资料,为犊牦牛腹泻的防控提供了重要参考。3.牦牛源A群轮状病毒的分离鉴定和基因组研究轮状病毒基因组分为11个节段,基因重配是轮状病毒遗传进化过程中的常见现象。为了更好的了解RV的遗传多样性,已经建立了基于基因组的分型系统。目前GenBank中只有1个国内的BRVA基因组,且无牦牛源BRVA基因组。为更好的了解牦牛源BRVA的分子特征和遗传进化,本实验分离得到2个致细胞病变的毒株,经RT-PCR和间接免疫荧光及电镜观察证实为BRVA,分别命名为HY-1株和QH-1株。蚀斑纯化的病毒滴度分别为108.39 TCID50/ml（HY-1）和105.84TCID50/ml（QH-1）。自行设计基因组扩增引物,获得了2个分离株的全基因组。HY-1株基因组全长18474 bp,基因型为G6-P[11]-I2-R2-C2-M2-A3-N2-T6-E1-H1。QH-1株基因组全长18492 bp,基因型为G6-P[1]-I2-R2-C2-M2-A3-N3-T6-E2-H3。序列比对和系统发育树表明,HY-1株的VP1和VP3节段可能起源于羊,VP2,VP4,NSP1,NSP3基因可能起源于牛,VP6和VP7基因可能起源于反刍动物,NSP2、NSP4和NSP5基因可能起源于人。QH-1株VP1和VP3节段可能起源于羊,VP2,VP4,NSP1,NSP3,NSP5可能起源于牛,VP6和VP7基因可能起源于反刍动物,NSP2和NSP4基因可能起源于人。这两个基因组均显示出复杂的重配现象,且均含有2-3个人源的节段。氨基酸分析表明,与中国同型毒株相比,HY-1和QH-1株的VP4基因中VP8亚基区域分别发生了7处和20处氨基酸变化,其中QH-1株中有4处氨基酸变化发生在8-1和8-3区。同时在HY-1和QH-1株VP7基因的7-1和7-2区分别发生了9处和8处氨基酸变化。这些重要氨基酸位点的变化可能对毒株致病和免疫有影响,有待于进一步的实验验证。本实验首次获得了2个牦牛源BRVA的全基因组,对深入了解其分子特征和遗传进化提供了重要参考。鉴于这两个基因组均显示出复杂的重配现象,提示可能存在跨种间传播的能力,其公共卫生学意义值得进一步关注。