基于TCGA和GEO数据库分析PTK6基因表达对胰腺癌患者预后的影响的研究

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背景:胰腺癌(Pancreatic cancer,PC)是世界上常见的消化系肿瘤,死亡率高、转移早、易复发、预后差,早期缺乏特异性症状和有效的诊断标记物,大多数人就诊时已经处于肿瘤晚期,失去手术时机,即使有手术机会,但仍面临转移复发等风险,且绝大多数患者对化疗和放疗呈现高度耐药性,放化疗效果不显著,5年生存率不到8%,因此也被称为预后最差的消化系恶性肿瘤。有研究人员预测,预计到2030年,PC将成为美国癌症相关死亡的第二大原因。所以,寻找有效的预后预测指标及治疗靶点对延长PC患者的生存时间至关重要。蛋白激酶6(Protein Tyrosine Kinase6,PTK6)在多种癌症中均高表达,但它在PC中的表达尚不清楚。本研究旨在探讨PTK6在PC中的表达情况及作为预后预测指标及治疗靶点的可行性。方法:从GEO数据库下载GSE28735和GSE62452基因表达谱,利用R软件分析PTK6在PC组织及其癌旁组织中的表达差异;利用在线GEO2R工具获取PC组织及癌旁组织并对其进行分组,得到GSE28735与GSE62452的共表达DEGs(Differentially Expressed Genes),利用得到的DEGs进行富集,分析PTK6可能参与的分子机制。从TCGA数据库下载PC的转录组数据及临床信息,结合基因表达数据和临床信息文件获得基因表达矩阵的数据。使用R软件中的“survival”包进行Kaplan-Meier生存分析,以P<0.05有统计学意义,分析PC患者PTK6表达水平与临床病理特征及预后的关系。我们还通过免疫组化证实了PTK6在PC中的表达情况。我们利用TIMER和GEPIA的数据库分析了PTK6表达与浸润性免疫细胞之间的关系。结果:在TCGA和GEO数据库中PTK6基因在PC组织中的表达水平显著高于癌旁组织(P<0.05),Kaplan-Meier生存曲线显示PTK6高表达组总生存率(OS)显著低于低表达组(P<0.01),同时,ROC曲线表明PTK6对PC具有明确的诊断价值(AUC=0.865,P=0.013,cut-off=2.438),单因素和多因素Cox回归分析表明,PTK6基因表达水平、有无淋巴结转移与PC患者的预后较差显著相关(P<0.05)。免疫组化染色结果证实了与胰腺癌旁组织相比,PTK6在PC组织中是高表达的。结论:PTK6在PC组织中高表达,多因素Cox回归分析证实有无淋巴结转移和PTK6表达水平对于PC的预后至关重要。因此,PTK6可能是PC有价值的预后标记物及治疗靶点,对于判断PC患者的预后及未来的精准治疗提供了一个新的思路。
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