2010年在长江口水域利用插网和底拖网对鱼类进行了调查，采用等级聚类、多维排序、相似性百分比分析、主成分分析和典范对应分析等多元统计分析方法较为全面的研究了鱼类群落组成现状和时空差异，同时分析了鱼类群落和重要环境因子的相关性，并且初步评估了鱼类在长江口水域的栖息地适宜度。1、为深入了解鱼类对潮间带水域的利用，2010年5月、8月、11月在长江口潮间带水域进行了插网调查。结果表明：调查期间共出现28种鱼类，隶属于10目16科，鲤形目种类最多，其次为鲈形目；群落优势种为中国花鲈（Lateolabraxmaculates）、鮻（Liza haematocheila）和窄体舌鳎（Cynoglossus gracilis）；长江口潮间带鱼类群落可以分为河口定居鱼类、海洋偶见鱼类、降海洄游鱼类、溯河洄游鱼类、海洋洄游鱼类和淡水鱼类6种生态类群，其中河口定居鱼类和海洋洄游鱼类占据明显优势。对调查水域鱼类群落进行聚类分析，结果表明秋季和春夏季差异显著，鮻、中国花鲈、斑尾刺虾虎鱼（Acanthogobius ommaturus）是对季节差异贡献最大的3种鱼类。通过基于种类丰度和环境因子的主成分分析，可以得出温度和盐度的交替性季节变化造成了鱼类群落结构的季节性变化，同时基于生态类群丰度的主成分分析结果表明，夏季鱼类群落主要受到海洋洄游鱼类的影响，而秋季主要受到河口定居鱼类的影响，这2种鱼类的幼鱼在不同季节利用潮间带水域索饵肥育可能是造成季节差异的主要原因。2、根据2010年3月、5月、8月和11月对长江口潮下带水域进行的底拖网及水文调查数据，分析了潮下带鱼类群落的组成现状以及时空分布，结果调查期间长江口潮下带水域共出现28种鱼类，隶属于9目13科，鲈形目种类最多，鲱形目次之，而鲱形目丰度最高，鲈形目次之；共出现了刀鲚（Coilia ectenes）、棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）、狼牙鳗虾虎鱼（Odontamblyopus rubicundus）和窄体舌鳎这4种群落优势种；调查期间共出现了5种生态类群：河口定居鱼类、海洋偶见鱼类、溯河洄游鱼类、海洋洄游鱼类和淡水鱼类，溯河洄游鱼类和海洋洄游鱼类在鱼类群落中占据明显优势。聚类和排序结果表明，长江口潮下带鱼类群落可以分为冬季、春夏季南支北港和北港北沙、春季北支、夏季北支和秋季5个类群，刀鲚、棘头梅童鱼和狼牙鳗虾虎鱼是对样本差异贡献较大的3种鱼类。溯河洄游鱼类和海洋洄游鱼类分别在不同时空尺度上的优势导致了长江口潮下带鱼类群落出现明显的时空差异。典范对应分析表明pH、浊度、水温和盐度对鱼类群落分布的影响较大，鱼类通过响应水温而季节性的出现在长江口水域从而造成了显著的季节差异，而不同鱼类对盐度的偏好选择直接导致了区域间的显著差异。通过比较历年数据，推测棘头梅童鱼可能已经完全依赖长江口作为育幼场或者产卵场，而并非选择性的对长江口水域进行利用。3、为了初步评估鱼类对长江口栖息地的选择偏好，利用长江口春季的优势种棘头梅童鱼幼鱼为模式物种，分析多种水文、水质及生物因素，结果筛选出狭额绒螯蟹（Pseudograpsus albus）丰度、盐度、底质和水深4个因子作为栖息地指示因子，构建栖息地适合度模型，利用层次分析法确定指示因子权重，借鉴河道内流量增量法计算各位点的棘头梅童鱼幼鱼栖息地适宜度指数。结果表明：长江口北支水域棘头梅童鱼幼鱼HSI普遍较高，基本在0.5以上，而南支水域普遍较低，基本上在0.2以下。棘头梅童鱼每年春季在崇明东滩的浅滩水域产卵，幼鱼在长江口肥育数月后游向近海，说明该水域是棘头梅童鱼主要的产卵场和幼鱼的索饵场，这与本研究得到的HSI一致。本研究中选取的两个生物因子都与棘头梅童鱼幼鱼丰度具有较高的正相关性，这一方面表明生物因子可以较好的表征棘头梅童鱼幼鱼对水文、水质等因素的响应，另一方面也可以推测，长江口水域的饵料生物足够充足，二者之间并未出现食物竞争；CODMn、NH4+-N、TP和VH与棘头梅童鱼幼鱼丰度不具有显著相关性，NO2--N、NO3--N和TN与丰度具有显著正相关，说明在调查水域内的这些水质污染因素尚未对鱼类栖息地造成破坏；而Cu和Cd与丰度具有极显著的负相关性，说明重金属污染对棘头梅童鱼幼鱼的生长和分布造成了一定的危害，可以推测重金属污染对调查水域的鱼类栖息地分布具有限制性影响。